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Guía docente 2021-22 - 10211010 - Bioinformática
| TITULACIÓN: | Grado en Biología |
| CENTRO: | FACULTAD DE CIENCIAS EXPERIMENTALES |
| CURSO: | 2021-22 |
| ASIGNATURA: | Bioinformática |
| NOMBRE: Bioinformática | |||||
| CÓDIGO: 10211010 | CURSO ACADÉMICO: 2021-22 | ||||
| TIPO: Troncal / Básica | |||||
| Créditos ECTS: 6.0 | CURSO: 1 | CUATRIMESTRE: SC | |||
| WEB: https://platea.ujaen.es | |||||
| NOMBRE: LORITE MARTÍNEZ, PEDRO | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas [Profesor responsable] | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: 90 - 359 | E-MAIL: plorite@ujaen.es | TLF: 82769 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/47640 | ||
| URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9692-5870 | ||
| NOMBRE: PÉREZ CANO, FRANCISCO DANIEL | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA | ||
| ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL | ||
| N. DESPACHO: - | E-MAIL: - | TLF: - |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/119174 | ||
| URL WEB: - | ||
| ORCID: - | ||
| NOMBRE: GUTIÉRREZ SANTIAGO, FRANCISCO | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - 078 | E-MAIL: fgutierr@ujaen.es | TLF: - |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/141547 | ||
| URL WEB: fgutierr@ujaen.es | ||
| ORCID: - | ||
| NOMBRE: MONTIEL JIMÉNEZ, EUGENIA ELISABET | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - B3-313 | E-MAIL: emontiel@ujaen.es | TLF: 953213630 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/340640 | ||
| URL WEB: - | ||
| ORCID: - | ||
| Código | Denominación de la competencia |
| CE10 | Ser capaz de utilizar aplicaciones informáticas para el estudio de biomoléculas |
| CE41 | Ser capaz de utilizar programas informáticos de análisis de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas |
| CE53 | Realizar análisis filogenéticos |
| CG1 | Aprender a planificar e interpretar los resultados de los análisis experimentales desde el punto de vista de la significación estadística |
| CT1 | Adquirir capacidad de gestión de la información, análisis y síntesis |
| CT10 | Formar profesionales con sólidos valores éticos relacionados con los derechos fundamentales del ser humano, y de modo destacado los relacionados con la igualdad y no discriminación entre seres humanos. |
| CT2 | Adquirir capacidad de organización planificación y trabajo en grupo |
| CT3 | Ser capaz de comunicarse correctamente de forma oral y escrita en la lengua materna |
| CT4 | Conocer una lengua extranjera |
| CT5 | Ser capaz de resolver problemas y aplicar conocimientos teóricos a la práctica |
| CT6 | Desarrollar actitudes críticas basadas en el conocimiento |
| CT7 | Ser capaz de realizar aprendizaje autónomo para el desarrollo continuo profesional |
| CT8 | Ser capaz de adaptarse a nuevas situaciones y de tomar decisiones |
| CT9 | Tener sensibilidad hacia temas de índole social y medioambiental |
| Resultados de aprendizaje | |
| Resultado 211010A | 1. Desarrollar habilidades relacionadas con las nuevas tecnologías digitales y su integración en el ejercicio profesional. |
| Resultado 211010B | 2. Ser capaz de realizar búsquedas avanzadas en las diferentes bases de datos biológicas públicas. |
| Resultado 211010C | 3. Desarrollar criterios de decisión para seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolución de diferentes tipos de problemas. |
| Resultado 211010D | 4. Saber seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolver diferentes tipos de problemas. |
Bioinformática: consideraciones generales. Información biológica en formato electrónico. Análisis de secuencias. Filogenias y árboles filogenéticos. Dinámica de Sistemas en Biología. Análisis de imagen aplicado a la Biología.
Contenidos teóricos:
Unidad 1 - Bioinformática: consideraciones generales. Información en biología. La explosión de la información biológica. Definición de bioinformática. Vías de acceso a la información según la problemática.
Unidad 2 - Información biológica en formato electrónico. Aspectos computacionales básicos en bioinformática. La bioinformática y las bases de datos. Introducción a las bases de datos: características, acceso y principales herramientas de búsqueda. Formatos. Acceso a bases de datos web. Principales bases de datos biológicas.
Unidad 3 - Análisis de secuencias. Análisis de secuencias basado en aspectos composicionales. Búsqueda de patrones y motivos en secuencias. Estrategias básicas para la búsqueda de similitud entre secuencias. Comparación entre pares de secuencias y alineamientos múltiples. Búsqueda de secuencias similares en bases de datos: BLAST, FASTA.
Unidad 4 - Filogenias y árboles filogenéticos. Conceptos básicos de filogenia y evolución molecular. Filogenias basadas en datos morfológicos versus filogenias moleculares. Análisis filogenético basado en secuencias. Métodos de estimación de distancias evolutivas. Principales métodos para la construcción de árboles filogenéticos. Representación gráfica de árboles filogenéticos.
Unidad 5 - Dinámica de Sistemas en Biología. La dinámica de sistemas. El problema biológico y la definición del sistema. El diagrama causal. Creación y simulación del modelo. Aplicaciones en biología .
Unidad 6 - Análisis de imagen aplicado a la Biología. La imagen digital. Procesamiento y análisis de imagen. Manejo de información espacial y espectral en imágenes de interés biológico. Morfometría.
Contenidos de prácticas y seminarios:
Bases de datos I
Bases de datos II
Bases de datos de ADN y proteínas
Análisis de secuencias I
Análisis de secuencias II
Filogenias moleculares
Dinámica de sistemas
Análisis de imágenes
| ACTIVIDADES | HORAS PRESENCIALES | HORAS TRABAJO AUTÓNOMO | TOTAL HORAS | CRÉDITOS ECTS | COMPETENCIAS (códigos) |
|---|---|---|---|---|---|
A1 - Clases expositivas en gran grupo
|
24.0 | 36.0 | 60.0 | 2.4 |
|
A2 - Clases en grupos de prácticas
|
36.0 | 54.0 | 90.0 | 3.6 |
|
| TOTALES: | 60.0 | 90.0 | 150.0 | 6.0 |
El material docente estará disponible en la plataforma de docencia virtual de la universidad. Además, recibirá el apoyo tutorial por parte del equipo docente que le orientará personalmente para realizar su tarea de aprendizaje.
Clases expositivas : Presentación de la asignatura e introducción de bloques temáticos donde se aporta una visión global e integrada de las unidades que se van a estudiar dentro de cada bloque. Permiten adquirir las competencias: CE10, CE41, CE53, CG1, CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9.
Prácticas : Sesiones académicas teórico-prácticas, desarrolladas en el aula de informática, en las que el profesor explicará los contenidos de cada tema y el alumno, guiado por el profesor, irá utilizando las diferentes bases de datos y programas bioinformáticos. El estudiante posteriormente, en pequeño grupo o de forma autónoma, resolverá supuestos prácticos abordados en las clases. Permiten adquirir las competencias: CE10, CE41, CE53, CG1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9.
Seminarios : Sesiones desarrolladas en el aula con grupos reducidos de alumnos que permiten al estudiante ampliar el conocimiento de algunos de los aspectos tratados en el programa de la asignatura. Permiten adquirir las competencias: CG1, CT1, CT2, CT4, CT5, CT6, CT8, CT9.
| ASPECTO | CRITERIOS | INSTRUMENTO | PESO |
|---|---|---|---|
| Asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales | Asistencia y participación | Control de asistencia y participación | 0.0% |
| Conceptos teóricos de la materia | Dominio de los conocimientos teóricos y operativos de la materia. | Examen | 25.0% |
| Realización de trabajos, casos o ejercicios | Dominio en la resolución de problemas, casos prácticos y programas informáticos relacionados con la materia. | Presentación de los trabajos y problemas propuestos en el aula de informática. | 75.0% |
La evaluación será continua, y atenderá a varios niveles y distintos aspectos, considerándose:
La calificación del examen teórico. Se evaluará el nivel de adquisición de los conceptos teóricos abordados en la asignatura. Permitirá evaluar las competencias: CE10, CE41, CE53, CG1, CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9.
La calificación de las actividades prácticas. Se evaluarán las diferentes actividades propuestas para cada unidad temática. Se valorará la capacidad para aplicar los conocimientos teóricos adquiridos a situaciones prácticas concretas. Las actividades planteadas en las prácticas deberán ser entregadas a través de la plataforma de docencia online. Permitirá evaluar las competencias: CE10, CE41, CE53, CG1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9.
En las convocatorias extraordinarias se realizará un examen sobre conceptos teóricos de forma similar a la de la convocatoria ordinaria. Igualmente se planteará la resolución de actividades prácticas que deberán ser entregadas a través de la plataforma de docencia online.
- Introduction to bioinformatics. Edición: 4th ed. Autor: Lesk, Arthur M. Editorial: Oxford : Oxford University Press, 2014 (C. Biblioteca)
- Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011 (C. Biblioteca)
- Digital image processing. Edición: 4th ed.. Autor: González, Rafael C. Editorial: New York, NY : Pearson, 2018 (C. Biblioteca)
- Bioinformatics and functional genomics. Edición: 3rd edition. Autor: Pevsner, Jonathan, 1961-. Editorial: Chichester, West Sussex, UK ; Hoboken, NJ, USA : John Wiley and Sons, Inc., 2015 (C. Biblioteca)
| Semana | A1 - Clases expositivas en gran grupo | A2 - Clases en grupos de prácticas | Trabajo autónomo | Observaciones | |
|---|---|---|---|---|---|
| Nº 1 31 ene. - 6 feb. 2022 |
4.0 | 0.0 | 0.0 | El cronograma podrá sufrir modificaciones pero siempre se desarrollará según los horarios publicados en la página web de la Facultad | |
| Nº 2 7 - 13 feb. 2022 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 3 14 - 20 feb. 2022 |
3.0 | 5.0 | 0.0 | ||
| Nº 4 21 - 27 feb. 2022 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 5 28 feb. - 6 mar. 2022 |
2.0 | 5.0 | 0.0 | ||
| Nº 6 7 - 13 mar. 2022 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 7 14 - 20 mar. 2022 |
2.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 8 21 - 27 mar. 2022 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 9 28 mar. - 3 abr. 2022 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 10 4 - 8 abr. 2022 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Período no docente: 9 - 17 abr. 2022 | |||||
| Nº 11 18 - 24 abr. 2022 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 12 25 abr. - 1 may. 2022 |
2.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 13 2 - 8 may. 2022 |
0.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 14 9 - 15 may. 2022 |
3.0 | 9.0 | 0.0 | ||
| Nº 15 16 - 20 may. 2022 |
0.0 | 1.0 | 0.0 | ||
| Total Horas | 24.0 | 36.0 | 0.0 | ||
Metodología docente y actividades formativas:
|
Actividades Formativas |
Formato (presencial/online)* |
Metodología docente Descripción |
|
Docencia en gran grupo |
||
|
24 Sesiones de teoría sobre los contenidos del programa |
Presencial * |
24 sesiones de clases magistrales participativas, de una hora de duración cada una. ** |
|
Docencia en pequeño grupo |
||
|
8 Sesiones prácticas en aula de informática |
Presencial * |
Desarrollo de 8 sesiones prácticas, de cuatro horas de duración cada una en aula de informática. ** |
|
4 Sesiones de seminarios |
Presencial * |
4 sesiones de seminarios, de una hora de duración cada una, realizadas en el aula. ** |
*El grado de presencialidad dependerá de las condiciones socio-sanitarias y puede verse modulado por la Facultad de Ciencias Experimentales.
** En caso de que las actividades no se puedan desarrollar de forma presencial se realizaran online de forma síncrona
El personal docente implicado en la impartición de
la docencia se reserva el derecho de no dar el consentimiento
para la captación, publicación,
retransmisión o reproducción de su discurso,
imagen, voz y explicaciones de cátedra, en el ejercicio de
sus funciones docentes, en el ámbito de la Universidad de
Jaén.
Evaluación:
Se mantiene la evaluación continua de la asignatura para la convocatoria ordinaria. No hay cambios respecto al peso de los diferentes aspectos de la asignatura en la evaluación.
El examen teórico será presencial en la medida que la situación sociosanitaria lo permita
En las convocatorias extraordinarias se realizará un examen sobre conceptos teóricos de forma similar a la de la convocatoria ordinaria. El examen práctio consistirá en la resolución de actividades prácticas que deberán ser entregadas a través de la plataforma. Ambos exámenes serán presenciales si la situación sociosanitaria lo permite.
Recursos:
Se emplearán los recursos informáticos suministrados por la Universidad de Jaén (Plataforma de Docencia Virtual, Videoconferencia a través de GoogleMeet, otras aplicaciones del entorno Google: Docs, Slides, Calendar, Drive) con objeto de fomentar la participación del alumnado, así como recursos bibliográficos electrónicos disponibles en la biblioteca de la Universidad de Jaén.
Todas las actividades docentes, evaluación incluida, serán no presenciales
Metodología docente y actividades formativas:
Docencia teórica, docencia pequeño grupo y docencia práctica 100% online.
|
Actividades Formativas |
Formato (presencial/online)* |
Metodología docente Descripción |
|
Docencia en gran grupo |
||
|
24 Sesiones de teoría sobre los contenidos del programa |
On line |
24 sesiones de clases magistrales participativas, de una hora de duración cada una, realizadas por videoconferencia. |
|
Docencia en pequeño grupo |
||
|
8 Sesiones prácticas en aula de informática |
On line |
Desarrollo de 8 sesiones prácticas, de cuatro horas de duración cada una, llevadas a cabo por videoconferencia. |
|
4 Sesiones de seminarios |
On line |
4 sesiones de seminarios, de una hora de duración cada una, realizadas por videoconferencia. |
El personal docente implicado en la impartición de la docencia se reserva el derecho de no dar el consentimiento para la captación, publicación, retransmisión o reproducción de su discurso, imagen, voz y explicaciones de cátedra, en el ejercicio de sus funciones docentes, en el ámbito de la Universidad de Jaén
Evaluación:
Se mantiene la evaluación continua de la asignatura para la convocatoria ordinaria. No hay cambios respecto al peso de los diferentes aspectos de la asignatura en la evaluación.
El examen teórico se realizará usando la plataforma de docencia virtual, Google-Forms o medios similares.
En las convocatorias extraordinarias se realizará un examen sobre conceptos teóricos de forma similar a la de la convocatoria ordinaria. Se planteará la resolución de actividades prácticas que deberán ser entregadas a través de la plataforma de docencia virtual.
Recursos:
Se emplearán los recursos informáticos suministrados por la Universidad de Jaén (Plataforma de Docencia Virtual, Videoconferencia a través de GoogleMeet, otras aplicaciones del entorno Google: Docs, Slides, Calendar, Drive) con objeto de fomentar la participación del alumnado, así como recursos bibliográficos electrónicos disponibles en la biblioteca de la Universidad de Jaén.
Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Campus Las Lagunillas, s/n, 23071 Jaén
Delegado de Protección de Datos:dpo@ujaen.es
Finalidad: Conforme a la Ley de Universidades y demás legislación estatal y autonómica vigente, realizar los exámenes correspondientes a las asignaturas en las que el alumno o alumna se encuentre matriculado. Con el fin de evitar fraudes en la realización del mismo, el examen se realizará en la modalidad de video llamada, pudiendo el personal de la Universidad de Jaén contrastar la imagen de la persona que está realizando la prueba de evaluación con los archivos fotográficos del alumno en el momento de la matrícula. Igualmente, con la finalidad de dotar a la prueba de evaluación de contenido probatorio de cara a revisiones o impugnaciones de la misma, de acuerdo con la normativa vigente, la prueba de evaluación será grabada.
Legitimación: cumplimiento de obligaciones legales (Ley de Universidades) y demás normativa estatal y autonómica vigente.
Destinatarios: prestadores de servicios titulares de las plataformas en las que se realicen las pruebas con los que la Universidad de Jaén tiene suscritos los correspondientes contratos de acceso a datos.
Plazos de conservación: los establecidos en la normativa aplicable. En el supuesto en concreto de las grabaciones de los exámenes, mientras no estén cerradas las actas definitivas y la prueba de evaluación pueda ser revisada o impugnada.
Derechos: puede ejercitar sus derechos de acceso, rectificación, cancelación, oposición, supresión, limitación y portabilidad remitiendo un escrito a la dirección postal o electrónica indicada anteriormente. En el supuesto que considere que sus derechos han sido vulnerados, puede presentar una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es
Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Paraje Las Lagunillas, s/n; Tel.953 212121; www.ujaen.es
Delegado de Protección de Datos (DPO): TELEFÓNICA, S.A.U. ; Email: dpo@ujaen.es
Finalidad del tratamiento: Gestionar la adecuada grabación de las sesiones docentes con el objetivo de hacer posible la enseñanza en un escenario de docencia multimodal y/o no presencial.
Plazo de conservación: Las imágenes serán conservadas durante los plazos legalmente previstos en la normativa vigente.
Legitimación: Los datos son tratados en base al cumplimiento de obligaciones legales (Ley Orgánica 6/2001, de 21 de diciembre, de Universidades) y el consentimiento otorgado mediante la marcación de la casilla habilitada a tal efecto.
Destinatarios de los datos (cesiones o transferencias): Toda aquella persona que vaya a acceder a las diferentes modalidades de enseñanza.
Derechos: Ud. podrá ejercitar los derechos de Acceso, Rectificación, Cancelación, Portabilidad, Limitación del tratamiento, Supresión o, en su caso, Oposición. Para ejercitar los derechos deberá presentar un escrito en la dirección arriba señalada dirigido al Servicio de Información, Registro y Administración Electrónica de la Universidad de Jaén, o bien, mediante correo electrónico a la dirección de correo electrónico. Deberá especificar cuál de estos derechos solicita sea satisfecho y, a su vez, deberá acompañarse de la fotocopia del DNI o documento identificativo equivalente. En caso de que actuara mediante representante, legal o voluntario, deberá aportar también documento que acredite la representación y documento identificativo del mismo. Asimismo, en caso de considerar vulnerado su derecho a la protección de datos personales, podrá interponer una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es