Universidad de Jaén

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Esta asignatura está ubicada en el Módulo 1: Fundamentos y Técnicas de Biología Molecular, Celular y Genética, en el que se desarrollan los principios básicos y comunes en los que se sustentan los otros módulos de la titulación.  Se estudian los fundamentos, técnicas y aplicaciones de la proteómica, genómica y bioinformática. Además de las técnicas básicas de laboratorio, se manejarán los principales programas y bases de datos para el estudio de genes y proteínas a nivel individual y en análisis masivos. 

La docencia será impartida en lengua española. Sin embargo, esta asignatura está adscrita al programa PATIE de la Universidad de Jaén por lo que se suministrará apoyo en inglés para estudiantado extranjero (materiales, tutorización y pruebas de evaluación).

Para el alumnado no hispanohablante, se recomienda estar en posesión de una acreditación de, al menos, un nivel B1 de inglés o un nivel B1 de español. 

 

El alumnado que presente necesidades específicas de apoyo educativo, lo ha de notificar personalmente al Servicio de Atención y Ayudas al Estudiante para proceder a realizar, en su caso, la adaptación curricular correspondiente.

Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones-proteína ligando. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-D, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc. Genómica estructural. Genómica funcional. Bases de datos y aplicaciones informáticas de genómica y proteómica. Entornos de programación en bioinformática: intérpretes de comandos. Análisis e integración de datos de 'ómicas': agrupamiento, estadística multivariante y minería de datos. Modelización: redes moleculares y dinámica de sistemas.

1. Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones proteína-lingando.

2. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-DE, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed.

3. Aplicaciones de la espectrometría de masas en proteómica.

4. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc.

5. Prácticas de Laboratorio: Realización en el laboratorio de una electroforesis bidimensional (2-DE) y su análisis posterior para estudiar el efecto del ayuno sobre el proteoma de hígado de rata. 5.1. Preparación de la muestra. 5.2. Isoelectroenfoque sobre tiras IPG. 5.3. Equilibrado de las tiras y preparación de la SDS-PAGE. 5.4. SDS-PAGE. 5.5. Tinción y análisis de proteínas. Tinción con azul Coomasie y Sypro-Rubi. 5.6. Introducción a PDQuest ^R (BioRad Laboratories). 5.7. Métodos de análisis por espectrometría de masas de las manchas expresadas diferencialmente. 5.8. Presentación de resultados. Identificación de proteínas y proteómica funcional. 5.9. Métodos y equipos disponibles en la Universidad de Jaén para realización de estudios de proteómica.

6. Diseño computacional de fármacos.

7. Introducción a la genómica estructural: secuenciación de genomas completos, estructuras de los genomas de bacterias, hongos, plantas y animales.

8. Introducción a la genómica funcional: principales técnicas de medida de la expresión génica masiva y anotación funcional de genomas.

9. Bases de datos de Genética Molecular: 9.1. Nucleótidos: EMBL y Genbank con sus subdivisiones (dbGSS, dbSTS, dbSNP). 9.2. Proteínas: NCBI, Expasy, EMBL; estructura molecular de proteínas: NCBI, RELIBASE, 3Dee. 9.3. Bases de datos del proyecto genoma humano (centro Sanger), de proyectos de secuenciación de genomas completos (S. cerevisiae, B. subtilis, A. Thaliana, etc). 9.4. Bibliográficas (PubMed). 9.5. OMIM (On line Mendelian Inheritance in Man): enferemedades hereditarias humanas y sus mutaciones asociadas.

10. Obtención y análisis de secuencias de ADN y proteínas. 10.1. Secuenciación práctica de ADN en secuenciados automático; alineamiento y comparación de secuencias (BLAST, FASTA, CLUSTAL). 10.2. Análisis de secuencias de ADN (seqaid, DNAsis, GCG).

11. Otros programas informáticos en genética Molecular: 11.1. Búsqueda de genes, exones, y promotores (Genscan, BCM search launcher). 11.2. Cálculo de condiciones de PCR (oligo, Melting). 11.3. Cálculo de estructura secundaria del ARN (Fold). 11.4. Análisis de proteínas y motivos funcionales (EMBOSS, Prosite, Expasy). 11.5. Estudios de asociación genética de marcadores simples, haplotipos y Genome Wide

12. Análisis de datos: Análisis de datos de expresión génica obtenidos por microarrays. Uso de R y NIHDAVID.

13. Integración de datos biológicos: estadística multivariante, y minería de datos.

14. Análisis, modelización y caracterización de la expresión génica: redes moleculares.

15. Biotecnología de sistemas: combinación de análisis in silico y ómicos en aplicaciones industriales.

16. Dinámica de sistemas biológicos: modelización y simulación

El calendario y horario de la asignatura para el curso 2020-2021 se encuentra en la página web:

https://www.ujaen.es/estudios/oferta-academica/masteres/master-universitario-en-biotecnologia-y-biomedicina#informacion-academica

1. METODOLOGÍA  Y ACTIVIDADES FORMATIVAS

 

Actividades Formativas	Formato (presencial/online)*	Metodología docente Descripción
A1- Clases expositivas en gran grupo M2-Exposición de teoría y ejemplos generales M4-Conferencias, seminarios, etc	Presencial  al 100 %.  Si éste no fuese posible, se aplicará el máximo de presencialidad, implementándose el formato online el mínimo de sesiones requerido para alcanzar las competencias y ECTS previstos.	20 sesiones de clases expositivas, presenciales u online, al gran grupo.  El número exacto de sesiones presenciales posibles se establecerá una vez determinados los aforos efectivos de los laboratorios por parte del Servicio de Prevención de Riesgos Laborales y el número de alumnos matriculados.
A2- Clases en grupos de prácticas M7-Prácticas de laboratorio/campo/informática M11-Resolución de ejercicios M8-Debates	Presencial al 100%.  Si éste no fuese posible, se aplicará el máximo de presencialidad, implementándose el formato online el mínimo de sesiones requerido para alcanzar las competencias y ECTS previstos.	38 horas de clases prácticas al pequeño grupo, bien de laboratorio, aula o aula de informática, presenciales.  El número exacto de sesiones presenciales posibles se establecerá una vez determinados los aforos efectivos de los laboratorios por parte del Servicio de Prevención de Riesgos Laborales y el número de alumnos matriculados.
A3- Tutorías colectivas M14-Foros M17-Asesoramiento y resolución de dudas	Presencial y online	2 horas de sesiones de tutorías colectivas presenciales o virtuales.

 2. SISTEMA DE EVALUACIÓN

Se seguirá el mismo sistema de evaluación que el indicado en el escenario presencial.

 

Convocatoria ordinaria

 

Prueba de evaluación	Formato (presencial/online síncrono o asíncrono)	Descripción	Porcentaje
Hojas de control de asistencia y participación	Presencial. Síncrono	Control diario de asistencia y participación mediante hojas de firmas	10%
Examen escrito para evaluación de los conocimientos teóricos	Presencial.	Examen con preguntas tipo test o de respuesta corta sobre los contenidos teóricos impartidos.	20%
Memoria escrita de las prácticas de laboratorio realizadas	Online	Entrega online de una memoria resumen de las prácticas de proteómica realizadas en el laboratorio con los apartados propios de un trabajo de investigación.	15%
Trabajo escrito resumen de los trabajos y casos realizados en aula de informática	Online	Entrega online de trabajos escritos resumen del trabajo o casos realizados en el aula de informática sobre genómica, bioinformática y biología de sistemas.	45%
Exposición de seminario	Presencial	Preparación y presentación de una exposición o seminario sobre las aplicaciones de la proteómica.	10%

 

La calificación final de la asignatura se obtendrá al sumar las puntuaciones ponderadas obtenidas en cada aspecto de la asignatura.

 

Convocatoria extraordinaria

 

Si la asignatura no se aprueba en su conjunto en la convocatoria Ordinaria I, se guardará la nota de las partes superadas para la convocatoria Extraordinaria II. Para el caso de la convocatoria Extraordinaria II, la calificación de la asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales se podrá sustituir por la realización de una prueba de evaluación escrita.

3. RECURSOS

- La plataforma ILIAS de docencia virtual de la Universidad de Jaén.

- El correo electrónico.

- Todas las herramientas de Google Suite con las que cuenta la Universidad de Jaén, p.e. Google Hangouts Meet para las videoconferencias, Google Forms para los formularios y exámenes, Google Calendar para el calendario y horario.

- Recursos de internet.

 

  1- METODOLOGÍA Y ACTIVIDADES FORMATIVAS

Actividades Formativas	Formato (presencial/online)*	Metodología docente Descripción
A1- Clases expositivas en gran grupo M2-Exposición de teoría y ejemplos generales M4-Conferencias, seminarios, etc	Online al 100%.	20 sesiones de clases expositivas virtuales al gran grupo mediante videoconferencia.
A2- Clases en grupos de prácticas M7-Prácticas de laboratorio/campo/informática M11-Resolución de ejercicios M8-Debates	Online al 100%.	38 horas de clases prácticas al pequeño grupo, bien de laboratorio, aula o aula de informática, virtuales mediante videoconferencia.
A3- Tutorías colectivas M14-Foros M17-Asesoramiento y resolución de dudas	Online al 100%.	2 horas de sesiones de tutorías colectivas virtuales.

  2- SISTEMA DE EVALUACIÓN

Se seguirá el mismo sistema de evaluación que el indicado en el escenario presencial y mixto

 

Convocatoria ordinaria

 

Prueba de evaluación	Formato (presencial/online síncrono o asíncrono)	Descripción	Porcentaje
Hojas de control de asistencia y participación	Online. Síncrono	Control diario de asistencia y participación mediante hojas de firmas	10%
Examen escrito para evaluación de los conocimientos teóricos	Online.	Examen con preguntas tipo test o de respuesta corta sobre los contenidos teóricos impartidos.	20%
Memoria escrita de las prácticas de laboratorio realizadas	Online	Entrega online de una memoria resumen de las prácticas de proteómica realizadas en el laboratorio con los apartados propios de un trabajo de investigación.	15%
Trabajo escrito resumen de los trabajos y casos realizados en aula de informática	Online	Entrega online de trabajos escritos resumen del trabajo o casos realizados en el aula de informática sobre genómica, bioinformática y biología de sistemas.	45%
Exposición de seminario	Online	Preparación y presentación de una exposición o seminario sobre las aplicaciones de la proteómica.	10%

 

La calificación final de la asignatura se obtendrá al sumar las puntuaciones ponderadas obtenidas en cada aspecto de la asignatura.

 

Convocatoria extraordinaria

Si la asignatura no se aprueba en su conjunto en la convocatoria Ordinaria I, se guardará la nota de las partes superadas para la convocatoria Extraordinaria II. Para el caso de la convocatoria Extraordinaria II, la calificación de la asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales se podrá sustituir por la realización de una prueba de evaluación escrita.

3- RECURSOS

• La plataforma ILIAS de docencia virtual de la Universidad de Jaén. El correo electrónico
• Todas las herramientas de Google Suite con las que cuenta la Universidad de Jaén, p.e. Google Hangouts Meet para las videoconferencias, Google Forms para los formularios y exámenes, Google Calendar para el calendario y horario.
• Recursos de internet

 

 

Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Campus Las Lagunillas, s/n, 23071 Jaén

Delegado de Protección de Datos:dpo@ujaen.es

Finalidad: Conforme a la Ley de Universidades y demás legislación estatal y autonómica vigente, realizar los exámenes correspondientes a las asignaturas en las que el alumno o alumna se encuentre matriculado. Con el fin de evitar fraudes en la realización del mismo, el examen se realizará en la modalidad de video llamada, pudiendo el personal de la Universidad de Jaén contrastar la imagen de la persona que está realizando la prueba de evaluación con los archivos fotográficos del alumno en el momento de la matrícula. Igualmente, con la finalidad de dotar a la prueba de evaluación de contenido probatorio de cara a revisiones o impugnaciones de la misma, de acuerdo con la normativa vigente, la prueba de evaluación será grabada.

Legitimación: cumplimiento de obligaciones legales (Ley de Universidades) y demás normativa estatal y autonómica vigente.

Destinatarios: prestadores de servicios titulares de las plataformas en las que se realicen las pruebas con los que la Universidad de Jaén tiene suscritos los correspondientes contratos de acceso a datos.

Plazos de conservación: los establecidos en la normativa aplicable. En el supuesto en concreto de las grabaciones de los exámenes, mientras no estén cerradas las actas definitivas y la prueba de evaluación pueda ser revisada o impugnada.

Derechos: puede ejercitar sus derechos de acceso, rectificación, cancelación, oposición, supresión, limitación y portabilidad remitiendo un escrito a la dirección postal o electrónica indicada anteriormente. En el supuesto que considere que sus derechos han sido vulnerados, puede presentar una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es

Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Paraje Las Lagunillas, s/n; Tel.953 212121; www.ujaen.es

Delegado de Protección de Datos (DPO): TELEFÓNICA, S.A.U. ; Email: dpo@ujaen.es

Finalidad del tratamiento: Gestionar la adecuada grabación de las sesiones docentes con el objetivo de hacer posible la enseñanza en un escenario de docencia multimodal y/o no presencial.

Plazo de conservación: Las imágenes serán conservadas durante los plazos legalmente previstos en la normativa vigente.

Legitimación: Los datos son tratados en base al cumplimiento de obligaciones legales (Ley Orgánica 6/2001, de 21 de diciembre, de Universidades) y el consentimiento otorgado mediante la marcación de la casilla habilitada a tal efecto.

Destinatarios de los datos (cesiones o transferencias): Toda aquella persona que vaya a acceder a las diferentes modalidades de enseñanza.

Derechos: Ud. podrá ejercitar los derechos de Acceso, Rectificación, Cancelación, Portabilidad, Limitación del tratamiento, Supresión o, en su caso, Oposición. Para ejercitar los derechos deberá presentar un escrito en la dirección arriba señalada dirigido al Servicio de Información, Registro y Administración Electrónica de la Universidad de Jaén, o bien, mediante correo electrónico a la dirección de correo electrónico. Deberá especificar cuál de estos derechos solicita sea satisfecho y, a su vez, deberá acompañarse de la fotocopia del DNI o documento identificativo equivalente. En caso de que actuara mediante representante, legal o voluntario, deberá aportar también documento que acredite la representación y documento identificativo del mismo. Asimismo, en caso de considerar vulnerado su derecho a la protección de datos personales, podrá interponer una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es