Universidad de Jaén

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Guía docente 2019-20 - 10211010 - Bioinformática

TITULACIÓN: Grado en Biología
CENTRO: FACULTAD DE CIENCIAS EXPERIMENTALES

CURSO ACADÉMICO: 2019-20
GUÍA DOCENTE
1. DATOS BÁSICOS DE LA ASIGNATURA
NOMBRE: Bioinformática
CÓDIGO: 10211010 CURSO ACADÉMICO: 2019-20
TIPO: Troncal / Básica
Créditos ECTS: 6.0 CURSO: 1 CUATRIMESTRE: SC
WEB: https://dv.ujaen.es/goto_docencia_crs_137116.html
 
2. DATOS BÁSICOS DEL PROFESORADO
NOMBRE: LORITE MARTÍNEZ, PEDRO
IMPARTE: Teoría - Prácticas [Profesor responsable]
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: 90 - 359 E-MAIL: plorite@ujaen.es TLF: 82769
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/47640
URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp
 
NOMBRE: GACTO COLORADO, Mª JOSÉ
IMPARTE: Teoría - Prácticas
DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA
ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL
N. DESPACHO: A3 - 243 E-MAIL: mgacto@ujaen.es TLF: 953212261
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/86976
URL WEB: http://wwwdi.ujaen.es/?q=es/mgacto
 
NOMBRE: GUTIERREZ SANTIAGO, FRANCISCO
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: B3 - 078 E-MAIL: fgutierr@ujaen.es TLF: -
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/141547
URL WEB: fgutierr@ujaen.es
 
NOMBRE: MARCHAL ORTEGA, JUAN ALBERTO
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: B3 - B3-304 E-MAIL: jamaor@ujaen.es TLF: 953213361
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/35432
URL WEB: jamaor@ujaen.es
 
NOMBRE: MONTIEL JIMÉNEZ, EUGENIA ELISABET
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: - E-MAIL: - TLF: -
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/340640
URL WEB: -
 
NOMBRE: NAVARRO GÓMEZ, FRANCISCO NICOLÁS
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: B3 - 355 E-MAIL: fngomez@ujaen.es TLF: 953212771
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58267
URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp/2812
 
3. PRERREQUISITOS, CONTEXTO Y RECOMENDACIONES
PRERREQUISITOS:
-
CONTEXTO DENTRO DE LA TITULACIÓN:
.
RECOMENDACIONES Y ADAPTACIONES CURRICULARES:
-
El alumnado que presente necesidades específicas de apoyo educativo, lo ha de notificar personalmente al Servicio de Atención y Ayudas al Estudiante para proceder a realizar, en su caso, la adaptación curricular correspondiente.
4. COMPETENCIAS Y RESULTADOS DE APRENDIZAJE
código Denominación de la competencia
CE10 Ser capaz de utilizar aplicaciones informáticas para el estudio de biomoléculas
CE41 Ser capaz de utilizar programas informáticos de análisis de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas
CE53 Realizar análisis filogenéticos
CG1 Aprender a planificar e interpretar los resultados de los análisis experimentales desde el punto de vista de la significación estadística
CT1 Adquirir capacidad de gestión de la información, análisis y síntesis
CT10 Formar profesionales con sólidos valores éticos relacionados con los derechos fundamentales del ser humano, y de modo destacado los relacionados con la igualdad y no discriminación entre seres humanos.
CT2 Adquirir capacidad de organización planificación y trabajo en grupo
CT3 Ser capaz de comunicarse correctamente de forma oral y escrita en la lengua materna
CT4 Conocer una lengua extranjera
CT5 Ser capaz de resolver problemas y aplicar conocimientos teóricos a la práctica
CT6 Desarrollar actitudes críticas basadas en el conocimiento
CT7 Ser capaz de realizar aprendizaje autónomo para el desarrollo continuo profesional
CT8 Ser capaz de adaptarse a nuevas situaciones y de tomar decisiones
CT9 Tener sensibilidad hacia temas de índole social y medioambiental
Resultados de aprendizaje
Resultado 211010A 1. Desarrollar habilidades relacionadas con las nuevas tecnologías digitales y su integración en el ejercicio profesional.
Resultado 211010B 2. Ser capaz de realizar búsquedas avanzadas en las diferentes bases de datos biológicas públicas.
Resultado 211010C 3. Desarrollar criterios de decisión para seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolución de diferentes tipos de problemas.
Resultado 211010D 4. Saber seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolver diferentes tipos de problemas.
5. CONTENIDOS

Bioinformática: consideraciones generales. Información biológica en formato electrónico. Análisis de secuencias. Filogenias y árboles filogenéticos. Dinámica de Sistemas en Biología. Análisis de imagen aplicado a la Biología.

Contenidos teóricos:
Unidad 1 - Bioinformática: consideraciones generales. Información en biología. La explosión de la información
biológica. Definición de bioinformática. Vías de acceso a la información según la problemática.

Unidad 2 Información biológica en formato electrónico. Aspectos computacionales básicos en
bioinformática. La bioinformática y las bases de datos. Introducción a las bases de datos: características,
acceso y principales herramientas de búsqueda. Formatos. Acceso a bases de datos web. Principales bases
de datos biológicas.

Unidad 3 Análisis de secuencias. Análisis de secuencias basado en aspectos composicionales. Búsqueda
de patrones y motivos en secuencias. Estrategias básicas para la búsqueda de similitud entre secuencias.
Comparación entre pares de secuencias y alineamientos múltiples. Búsqueda de secuencias similares en
bases de datos: BLAST, FASTA.

Unidad 4 Filogenias y árboles filogenéticos. Conceptos básicos de filogenia y evolución molecular.
Filogenias basadas en datos morfológicos versus filogenias moleculares. Análisis filogenético basado en
secuencias. Métodos de estimación de distancias evolutivas. Principales métodos para la construcción de
árboles filogenéticos. Representación gráfica de árboles filogenéticos.

Unidad 5 Dinámica de Sistemas en Biología. La dinámica de sistemas. El problema biológico y la
definición del sistema. El diagrama causal. Creación y simulación del modelo. Aplicaciones en biología

Unidad 6 Análisis de imagen aplicado a la Biología. La imagen digital. Procesamiento y análisis de imagen. Manejo de información espacial y espectral en imágenes de interés biológico. Morfometría.

 

Contenidos de prácticas y seminarios:
Bases de datos I
Bases de datos II

Bases de datos de ADN y proteínas

Análisis de secuencias I
Análisis de secuencias II
Filogenias moleculares

Dinámica de sistemas

Análisis de imágenes

6. METODOLOGÍA Y ACTIVIDADES
ACTIVIDADES HORAS PRESEN­CIALES HORAS TRABAJO AUTÓ­NOMO TOTAL HORAS CRÉDITOS ECTS COMPETENCIAS (códigos)
A1 - Clases expositivas en gran grupo
  • M1 - Clases magistrales
  • M2 - Exposición de teoría y ejemplos generales
24.0 36.0 60.0 2.4
  • CE10
  • CE41
  • CE53
  • CG1
  • CT1
  • CT10
  • CT2
  • CT3
  • CT4
  • CT5
  • CT6
  • CT7
  • CT8
  • CT9
A2 - Clases en grupos de prácticas
  • M10 - Aulas de informática
  • M11 - Resolución de ejercicios
  • M6 - Actividades prácticas
36.0 54.0 90.0 3.6
  • CE10
  • CE41
  • CE53
  • CT1
  • CT2
  • CT3
  • CT4
  • CT5
  • CT7
  • CT8
TOTALES: 60.0 90.0 150.0 6.0  
 
INFORMACIÓN DETALLADA:

El material docente estará disponible en la plataforma de docencia virtual de la universidad. Además, recibirá el
apoyo tutorial por parte del equipo docente que le orientará personalmente para realizar su tarea de aprendizaje.
Clases expositivas: Presentación de la asignatura e introducción de bloques temáticos donde se aporta una
visión global e integrada de las unidades que se van a estudiar dentro de cada bloque. Permiten adquirir
las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53
Prácticas: Sesiones académicas teórico-prácticas, desarrolladas en el aula de informática, en las que el profesor
explicará los contenidos de cada tema y el alumno, guiado por el profesor, irá utilizando las diferentes bases
de datos y programas bioinformáticos. Permiten al alumno adquirir las competencias: CT1, CT2, CT3, CT5,
CT7, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53 Seminarios: Sesiones desarrolladas en el aula de informáticas con grupos
reducidos de alumnos, en las que el alumno, en pequeño grupo o de forma autónoma, resolverá supuestos
prácticos abordados en las clases presenciales y de prácticas. Permiten al alumno adquirir las competencias:
CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT7, CT8, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53

7. SISTEMA DE EVALUACIÓN
 
ASPECTO CRITERIOS INSTRUMENTO PESO
Asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales Asistencia y participación Control de asistencia y participación 0.0%
Conceptos teóricos de la materia Dominio de los conocimientos teóricos y operativos de la materia. Examen 25.0%
Realización de trabajos, casos o ejercicios Dominio en la resolución de problemas, casos prácticos y programas informáticos relacionados con la materia. Presentación de los trabajos y problemas propuestos en el aula de informática. 75.0%
El sistema de calificación se regirá por lo establecido en el RD 1125/2003 de 5 de septiembre por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en la titulaciones universitarias de carácter oficial
INFORMACIÓN DETALLADA:

La evaluación será continua, y atenderá a varios niveles y distintos aspectos, considerándose: La calificación
del examen escrito. Se evaluarán las diferentes actividades propuestas para cada unidad temática, donde
se valorarán los conocimientos adquiridos, especialmente, su capacidad para la aplicación de los mismos
a situaciones prácticas concretas. Permitirá evaluar las competencias: CT1, CT3, CT5, CG1, CE10, CE41,
CE53. La resolución de problemas propuestos en el aula de informática, los trabajos escritos y los seminarios,
tanto durante su desarrollo (que se podrá seguir durante las horas tutorizadas), como en su presentación final.
Permitirá evaluar las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CG1, CE10, CE41,
CE53.

8. DOCUMENTACIÓN / BIBLIOGRAFÍA
ESPECÍFICA O BÁSICA:
  • Introduction to bioinformatics. Edición: 4th ed. Autor: Lesk, Arthur M. Editorial: Oxford : Oxford University Press, 2014  (C. Biblioteca)
  • Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011  (C. Biblioteca)
  • Digital image processing. Edición: 4th ed.. Autor: González, Rafael C. Editorial: New York, NY : Pearson, 2018  (C. Biblioteca)
GENERAL Y COMPLEMENTARIA:
  • Bioinformatics and functional genomics. Edición: 3rd edition. Autor: Pevsner, Jonathan, 1961-. Editorial: Chichester, West Sussex, UK ; Hoboken, NJ, USA : John Wiley and Sons, Inc., 2015  (C. Biblioteca)
9. CRONOGRAMA (segundo cuatrimestre)
Semana A1 - Clases expositivas en gran grupo A2 - Clases en grupos de prácticas Trabajo autónomo Observaciones
Nº 1
27 ene. - 2 feb. 2020
3.00.0 0.0  
Nº 2
3 - 9 feb. 2020
2.02.0 0.0  
Nº 3
10 - 16 feb. 2020
3.04.0 0.0  
Nº 4
17 - 23 feb. 2020
2.00.0 0.0  
Nº 5
24 feb. - 1 mar. 2020
1.04.0 0.0  
Nº 6
2 - 8 mar. 2020
2.04.0 0.0  
Nº 7
9 - 15 mar. 2020
2.00.0 0.0  
Nº 8
16 - 22 mar. 2020
1.04.0 0.0  
Nº 9
23 - 29 mar. 2020
2.04.0 0.0  
Nº 10
30 mar. - 3 abr. 2020
1.00.0 0.0  
Período no docente: 4 - 12 abr. 2020
Nº 11
13 - 19 abr. 2020
2.04.0 0.0  
Nº 12
20 - 26 abr. 2020
1.00.0 0.0  
Nº 13
27 abr. - 3 may. 2020
0.00.0 0.0  
Nº 14
4 - 10 may. 2020
2.09.0 0.0  
Nº 15
11 - 15 may. 2020
0.01.0 0.0  
Total Horas 24.0 36.0 0.0