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Guía docente 2019-20 - 10211010 - Bioinformática
| TITULACIÓN: | Grado en Biología |
| CENTRO: | FACULTAD DE CIENCIAS EXPERIMENTALES |
| CURSO: | 2019-20 |
| ASIGNATURA: | Bioinformática |
| NOMBRE: Bioinformática | |||||
| CÓDIGO: 10211010 | CURSO ACADÉMICO: 2019-20 | ||||
| TIPO: Troncal / Básica | |||||
| Créditos ECTS: 6.0 | CURSO: 1 | CUATRIMESTRE: SC | |||
| WEB: https://dv.ujaen.es/goto_docencia_crs_137116.html | |||||
| NOMBRE: LORITE MARTÍNEZ, PEDRO | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas [Profesor responsable] | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: 90 - 359 | E-MAIL: plorite@ujaen.es | TLF: 82769 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/47640 | ||
| URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9692-5870 | ||
| NOMBRE: GACTO COLORADO, Mª JOSÉ | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA | ||
| ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL | ||
| N. DESPACHO: A3 - 243 | E-MAIL: mgacto@ujaen.es | TLF: 953212261 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/86976 | ||
| URL WEB: http://wwwdi.ujaen.es/?q=es/mgacto | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9895-9647 | ||
| NOMBRE: GUTIÉRREZ SANTIAGO, FRANCISCO | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - 078 | E-MAIL: fgutierr@ujaen.es | TLF: - |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/141547 | ||
| URL WEB: fgutierr@ujaen.es | ||
| ORCID: - | ||
| NOMBRE: MARCHAL ORTEGA, JUAN ALBERTO | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - B3-304 | E-MAIL: jamaor@ujaen.es | TLF: 953213361 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/35432 | ||
| URL WEB: jamaor@ujaen.es | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2008-610X | ||
| NOMBRE: MONTIEL JIMÉNEZ, EUGENIA ELISABET | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - B3-313 | E-MAIL: emontiel@ujaen.es | TLF: 953213630 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/340640 | ||
| URL WEB: - | ||
| ORCID: - | ||
| NOMBRE: NAVARRO GÓMEZ, FRANCISCO NICOLÁS | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - 355 | E-MAIL: fngomez@ujaen.es | TLF: 953212771 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58267 | ||
| URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp/2812 | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-8515-0547 | ||
| Código | Denominación de la competencia |
| CE10 | Ser capaz de utilizar aplicaciones informáticas para el estudio de biomoléculas |
| CE41 | Ser capaz de utilizar programas informáticos de análisis de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas |
| CE53 | Realizar análisis filogenéticos |
| CG1 | Aprender a planificar e interpretar los resultados de los análisis experimentales desde el punto de vista de la significación estadística |
| CT1 | Adquirir capacidad de gestión de la información, análisis y síntesis |
| CT10 | Formar profesionales con sólidos valores éticos relacionados con los derechos fundamentales del ser humano, y de modo destacado los relacionados con la igualdad y no discriminación entre seres humanos. |
| CT2 | Adquirir capacidad de organización planificación y trabajo en grupo |
| CT3 | Ser capaz de comunicarse correctamente de forma oral y escrita en la lengua materna |
| CT4 | Conocer una lengua extranjera |
| CT5 | Ser capaz de resolver problemas y aplicar conocimientos teóricos a la práctica |
| CT6 | Desarrollar actitudes críticas basadas en el conocimiento |
| CT7 | Ser capaz de realizar aprendizaje autónomo para el desarrollo continuo profesional |
| CT8 | Ser capaz de adaptarse a nuevas situaciones y de tomar decisiones |
| CT9 | Tener sensibilidad hacia temas de índole social y medioambiental |
| Resultados de aprendizaje | |
| Resultado 211010A | 1. Desarrollar habilidades relacionadas con las nuevas tecnologías digitales y su integración en el ejercicio profesional. |
| Resultado 211010B | 2. Ser capaz de realizar búsquedas avanzadas en las diferentes bases de datos biológicas públicas. |
| Resultado 211010C | 3. Desarrollar criterios de decisión para seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolución de diferentes tipos de problemas. |
| Resultado 211010D | 4. Saber seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolver diferentes tipos de problemas. |
Bioinformática: consideraciones generales. Información biológica en formato electrónico. Análisis de secuencias. Filogenias y árboles filogenéticos. Dinámica de Sistemas en Biología. Análisis de imagen aplicado a la Biología.
Contenidos teóricos:
Unidad 1 - Bioinformática: consideraciones generales.
Información en biología. La explosión de la
información
biológica. Definición de bioinformática.
Vías de acceso a la información según la
problemática.
Unidad 2 Información biológica en formato
electrónico. Aspectos computacionales básicos en
bioinformática. La bioinformática y las bases
de datos. Introducción a las bases de datos:
características,
acceso y principales herramientas de búsqueda.
Formatos. Acceso a bases de datos web. Principales bases
de datos biológicas.
Unidad 3 Análisis de secuencias. Análisis de
secuencias basado en aspectos composicionales. Búsqueda
de patrones y motivos en secuencias. Estrategias
básicas para la búsqueda de similitud entre
secuencias.
Comparación entre pares de secuencias y alineamientos
múltiples. Búsqueda de secuencias similares en
bases de datos: BLAST, FASTA.
Unidad 4 Filogenias y árboles filogenéticos.
Conceptos básicos de filogenia y evolución molecular.
Filogenias basadas en datos morfológicos versus
filogenias moleculares. Análisis filogenético basado
en
secuencias. Métodos de estimación de distancias
evolutivas. Principales métodos para la construcción
de
árboles filogenéticos. Representación
gráfica de árboles filogenéticos.
Unidad 5 Dinámica de Sistemas en Biología. La
dinámica de sistemas. El problema biológico y la
definición del sistema. El diagrama causal.
Creación y simulación del modelo. Aplicaciones en
biología
Unidad 6 Análisis de imagen aplicado a la Biología. La imagen digital. Procesamiento y análisis de imagen. Manejo de información espacial y espectral en imágenes de interés biológico. Morfometría.
Contenidos de prácticas y seminarios:
Bases de datos I
Bases de datos II
Bases de datos de ADN y proteínas
Análisis de secuencias I
Análisis de secuencias II
Filogenias moleculares
Dinámica de sistemas
Análisis de imágenes
| ACTIVIDADES | HORAS PRESENCIALES | HORAS TRABAJO AUTÓNOMO | TOTAL HORAS | CRÉDITOS ECTS | COMPETENCIAS (códigos) |
|---|---|---|---|---|---|
A1 - Clases expositivas en gran grupo
|
24.0 | 36.0 | 60.0 | 2.4 |
|
A2 - Clases en grupos de prácticas
|
36.0 | 54.0 | 90.0 | 3.6 |
|
| TOTALES: | 60.0 | 90.0 | 150.0 | 6.0 |
El material docente estará disponible en la plataforma de
docencia virtual de la universidad. Además, recibirá
el
apoyo tutorial por parte del equipo docente que le
orientará personalmente para realizar su tarea de
aprendizaje.
Clases expositivas: Presentación de la asignatura e
introducción de bloques temáticos donde se aporta una
visión global e integrada de las unidades que se van a
estudiar dentro de cada bloque. Permiten adquirir
las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8,
CT9, CT10, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53
Prácticas: Sesiones académicas
teórico-prácticas, desarrolladas en el aula de
informática, en las que el profesor
explicará los contenidos de cada tema y el alumno,
guiado por el profesor, irá utilizando las diferentes bases
de datos y programas bioinformáticos. Permiten al
alumno adquirir las competencias: CT1, CT2, CT3, CT5,
CT7, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53 Seminarios: Sesiones
desarrolladas en el aula de informáticas con grupos
reducidos de alumnos, en las que el alumno, en pequeño
grupo o de forma autónoma, resolverá supuestos
prácticos abordados en las clases presenciales y de
prácticas. Permiten al alumno adquirir las competencias:
CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT7, CT8, CG2, CG7, CE10, CE41,
CE53
| ASPECTO | CRITERIOS | INSTRUMENTO | PESO |
|---|---|---|---|
| Asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales | Asistencia y participación | Control de asistencia y participación | 0.0% |
| Conceptos teóricos de la materia | Dominio de los conocimientos teóricos y operativos de la materia. | Examen | 25.0% |
| Realización de trabajos, casos o ejercicios | Dominio en la resolución de problemas, casos prácticos y programas informáticos relacionados con la materia. | Presentación de los trabajos y problemas propuestos en el aula de informática. | 75.0% |
La evaluación será continua, y atenderá a
varios niveles y distintos aspectos, considerándose: La
calificación
del examen escrito. Se evaluarán las diferentes
actividades propuestas para cada unidad temática, donde
se valorarán los conocimientos adquiridos,
especialmente, su capacidad para la aplicación de los mismos
a situaciones prácticas concretas. Permitirá
evaluar las competencias: CT1, CT3, CT5, CG1, CE10, CE41,
CE53. La resolución de problemas propuestos en el aula
de informática, los trabajos escritos y los seminarios,
tanto durante su desarrollo (que se podrá seguir
durante las horas tutorizadas), como en su presentación
final.
Permitirá evaluar las competencias: CT1, CT2, CT3,
CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CG1, CE10, CE41,
CE53.
- Introduction to bioinformatics. Edición: 4th ed. Autor: Lesk, Arthur M. Editorial: Oxford : Oxford University Press, 2014 (C. Biblioteca)
- Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011 (C. Biblioteca)
- Digital image processing. Edición: 4th ed.. Autor: González, Rafael C. Editorial: New York, NY : Pearson, 2018 (C. Biblioteca)
- Bioinformatics and functional genomics. Edición: 3rd edition. Autor: Pevsner, Jonathan, 1961-. Editorial: Chichester, West Sussex, UK ; Hoboken, NJ, USA : John Wiley and Sons, Inc., 2015 (C. Biblioteca)
| Semana | A1 - Clases expositivas en gran grupo | A2 - Clases en grupos de prácticas | Trabajo autónomo | Observaciones | |
|---|---|---|---|---|---|
| Nº 1 27 ene. - 2 feb. 2020 |
3.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 2 3 - 9 feb. 2020 |
2.0 | 2.0 | 0.0 | ||
| Nº 3 10 - 16 feb. 2020 |
3.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 4 17 - 23 feb. 2020 |
2.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 5 24 feb. - 1 mar. 2020 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 6 2 - 8 mar. 2020 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 7 9 - 15 mar. 2020 |
2.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 8 16 - 22 mar. 2020 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 9 23 - 29 mar. 2020 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 10 30 mar. - 3 abr. 2020 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Período no docente: 4 - 12 abr. 2020 | |||||
| Nº 11 13 - 19 abr. 2020 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 12 20 - 26 abr. 2020 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 13 27 abr. - 3 may. 2020 |
0.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 14 4 - 10 may. 2020 |
2.0 | 9.0 | 0.0 | ||
| Nº 15 11 - 15 may. 2020 |
0.0 | 1.0 | 0.0 | ||
| Total Horas | 24.0 | 36.0 | 0.0 | ||