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Guía docente 2018-19 - 76712002 - Proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas
TITULACIÓN: | Máster Univ. en Biotecnología y biomedicina |
CENTRO: | Centro de Estudios de Postgrado |
CURSO: | 2018-19 |
ASIGNATURA: | Proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas |
NOMBRE: Proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas | |||||
CÓDIGO: 76712002 | CURSO ACADÉMICO: 2018-19 | ||||
TIPO: Obligatoria | |||||
Créditos ECTS: 6.0 | CURSO: 1 | CUATRIMESTRE: PC | |||
WEB: http://dv.ujaen.es/docencia/goto_docencia_crs_716395.html |
NOMBRE: PERAGÓN SÁNCHEZ, JUAN | ||
IMPARTE: Teoría - Prácticas [Profesor responsable] | ||
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
ÁREA: 060 - BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR | ||
N. DESPACHO: B3 - 356 | E-MAIL: jperagon@ujaen.es | TLF: 953212523 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/10954 | ||
URL WEB: www4.ujaen.es/~jperagon/ | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7502-1119 | ||
NOMBRE: CAÑUELO NAVARRO, ANA ROSA | ||
IMPARTE: Teoría - Prácticas | ||
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
ÁREA: 060 - BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR | ||
N. DESPACHO: B3 - 302 | E-MAIL: acanuelo@ujaen.es | TLF: 2767 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/42768 | ||
URL WEB: http://www4.ujaen.es/~acanuelo/ | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5626-4484 | ||
NOMBRE: CARUZ ARCOS, ANTONIO JOSÉ | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
N. DESPACHO: B3 - 344 | E-MAIL: caruz@ujaen.es | TLF: 953212706 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58224 | ||
URL WEB: www.ujaen.es/investiga/inmunoge | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5788-7840 | ||
NOMBRE: ESTEBAN RUIZ, FRANCISCO JOSÉ | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
ÁREA: 050 - BIOLOGÍA CELULAR | ||
N. DESPACHO: B3 - B3-342 | E-MAIL: festeban@ujaen.es | TLF: 935212760 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/8664 | ||
URL WEB: http://www4.ujaen.es/~festeban/ | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7135-2973 | ||
NOMBRE: GRANADINO ROLDÁN, JOSÉ MANUEL | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U127 - QUÍMICA FÍSICA Y ANALÍTICA | ||
ÁREA: 755 - QUÍMICA FÍSICA | ||
N. DESPACHO: B3 - 123 | E-MAIL: jmroldan@ujaen.es | TLF: - |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/18974 | ||
URL WEB: - | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9527-1158 | ||
NOMBRE: NAVARRO GÓMEZ, FRANCISCO NICOLÁS | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
N. DESPACHO: B3 - 355 | E-MAIL: fngomez@ujaen.es | TLF: 953212771 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58267 | ||
URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp/2812 | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-8515-0547 | ||
NOMBRE: NAVAS UREÑA, JUAN | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U124 - MATEMÁTICAS | ||
ÁREA: 595 - MATEMÁTICA APLICADA | ||
N. DESPACHO: B3 - B3-035 | E-MAIL: jnavas@ujaen.es | TLF: 953212933 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/53877 | ||
URL WEB: http://matema.ujaen.es/jnavas | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6519-9557 | ||
NOMBRE: RODRÍGUEZ AVI, JOSÉ | ||
IMPARTE: Teoría | ||
DEPARTAMENTO: U112 - ESTADISTICA E INVESTIGACIÓN OPERATIVA | ||
ÁREA: 265 - ESTADÍSTICA E INVESTIGACIÓN OPERATIVA | ||
N. DESPACHO: B3 - 058 | E-MAIL: jravi@ujaen.es | TLF: 953212207 |
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58236 | ||
URL WEB: - | ||
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1673-9876 | ||
NOMBRE: SÁNCHEZ POZO, ANTONIO | ||
E-MAIL: sanchezp@ugr.es | TLF: 958243839 | |
URL WEB: http://www.ugr.es/~sanchezp/asp.htm | ||
INSTITUCIÓN: Universidad de Granada | ||
NOMBRE: FUENTES ALMAGRO, CARLOS | ||
E-MAIL: b72fualc@uco.es | TLF: 957218984 | |
URL WEB: https://www.uco.es/servicios/scai/proteomica.html | ||
INSTITUCIÓN: Universidad de Córdoba |
Esta asignatura está ubicada en el Módulo 1: Fundamentos y Técnicas de Biología Molecular, Celular y Genética, en el que se desarrollan los principios básicos y comunes en los que se sustentan los otros módulos de la titulación. Se estudian los fundamentos, técnicas y aplicaciones de la proteómica, genómica y bioinformática. Además de las técnicas básicas de laboratorio, se manejarán los principales programas y bases de datos para el estudio de genes y proteínas a nivel individual y en análisis masivos.
La docencia será impartida en lengua española. Sin embargo, esta asignatura está adscrita al programa PATIE de la Universidad de Jaén por lo que se suministrará apoyo en inglés para estudiantado extranjero (materiales, tutorización y pruebas de evaluación).
El alumnado que presente necesidades específicas de apoyo educativo, lo ha de notificar personalmente al Servicio de Atención y Ayudas al Estudiante para proceder a realizar, en su caso, la adaptación curricular correspondiente.código | Denominación de la competencia |
CB10 | Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo. |
CB6 | Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación |
CB7 | Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio |
CB8 | Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios |
CB9 | Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades |
CE2-1 | Conocer los fundamentos, técnicas y aplicaciones de la proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas |
CE2-2 | Adquirir las habilidades técnicas apropiadas en proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas |
CE2-3 | Conocer y manejar bases de datos y programas de bioinformática |
CE2-4 | Realizar análisis de datos masivos 'ómicos' |
CG1 | Manejar bibliografía y documentación científica en inglés |
CG2 | Diseñar y planificar experimentos de investigación |
CG3 | Ejecutar experimentos de investigación así como interpretar los resultados |
CG4 | Diseñar estrategias experimentales alternativas |
CG6 | Capacidad de crítica y argumentación así como de exposición escrita y oral de proyectos de investigación y sus resultados |
CG7 | Saber utilizar y sacar el máximo rendimiento de las herramientas bioinformáticas, estadísticas y matemáticas |
CT1 | Fomentar el respeto a los derechos fundamentales y de igualdad de oportunidades entre hombres y mujeres, los principios de igualdad de oportunidades y accesibilidad universal de las personas con discapacidad y los valores propios de una cultura de paz y valores democráticos. |
CT2 | Desarrollar espíritu crítico y constructivo, con actitud positiva frente al conocimiento |
CT3 | Demostrar capacidad de generación de nuevas ideas (creatividad) |
CT4 | Desarrollar capacidad de trabajo en equipo, de líder, de diálogo, de crítica y autocrítica |
CT5 | Espíritu innovador y emprendedor |
CT6 | Motivación por la calidad |
CT7 | Compromiso ético con personas, organismos públicos y/o privados y con el entorno interno y externo de las organizaciones |
Resultados de aprendizaje | |
Resultado R3 | Haber adquirido conocimientos avanzados en proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas. |
Resultado R4 | Haber adquirido habilidades para realizar técnicas de proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas. |
Resultado R5 | Ser capaz de manejar bases de datos, programas de bioinformática y realizar análisis de datos masivos. |
Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones-proteína ligando. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-D, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc. Genómica estructural. Genómica funcional. Bases de datos y aplicaciones informáticas de genómica y proteómica. Entornos de programación en bioinformática: intérpretes de comandos. Análisis e integración de datos de 'ómicas': agrupamiento, estadística multivariante y minería de datos. Modelización: redes moleculares y dinámica de sistemas.
1. Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones proteína-lingando.
2. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-DE, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed.
3. Aplicaciones de la espectrometría de masas en proteómica.
4. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc.
5. Prácticas de Laboratorio: Realización en el laboratorio de una electroforesis bidimensional (2-DE) y su análisis posterior para estudiar el efecto del ayuno sobre el proteoma de hígado de rata. 5.1. Preparación de la muestra. 5.2. Isoelectroenfoque sobre tiras IPG. 5.3. Equilibrado de las tiras y preparación de la SDS-PAGE. 5.4. SDS-PAGE. 5.5. Tinción y análisis de proteínas. Tinción con azul Coomasie y Sypro-Rubi. 5.6. Introducción a PDQuest R (BioRad Laboratories). 5.7. Métodos de análisis por espectrometría de masas de las manchas expresadas diferencialmente. 5.8. Presentación de resultados. Identificación de proteínas y proteómica funcional. 5.9. Métodos y equipos disponibles en la Universidad de Jaén para realización de estudios de proteómica.
6. Diseño computacional de fármacos.
7. Introducción a la genómica estructural: secuenciación de genomas completos, estructuras de los genomas de bacterias, hongos, plantas y animales.
8. Introducción a la genómica funcional: principales técnicas de medida de la expresión génica masiva y anotación funcional de genomas.
9. Bases de datos de Genética Molecular: 9.1. Nucleótidos: EMBL y Genbank con sus subdivisiones (dbGSS, dbSTS, dbSNP). 9.2. Proteínas: NCBI, Expasy, EMBL; estructura molecular de proteínas: NCBI, RELIBASE, 3Dee. 9.3. Bases de datos del proyecto genoma humano (centro Sanger), de proyectos de secuenciación de genomas completos (S. cerevisiae, B. subtilis, A. Thaliana, etc). 9.4. Bibliográficas (PubMed). 9.5. OMIM (On line Mendelian Inheritance in Man): enferemedades hereditarias humanas y sus mutaciones asociadas.
10. Obtención y análisis de secuencias de ADN y proteínas. 10.1. Secuenciación práctica de ADN en secuenciados automático; alineamiento y comparación de secuencias (BLAST, FASTA, CLUSTAL). 10.2. Análisis de secuencias de ADN (seqaid, DNAsis, GCG).
11. Otros programas informáticos en genética Molecular: 11.1. Búsqueda de genes, exones, y promotores (Genscan, BCM search launcher). 11.2. Cálculo de condiciones de PCR (oligo, Melting). 11.3. Cálculo de estructura secundaria del ARN (Fold). 11.4. Análisis de proteínas y motivos funcionales (EMBOSS, Prosite, Expasy). 11.5. Estudios de asociación genética de marcadores simples, haplotipos y Genome Wide
12. Análisis de datos: Análisis de datos de expresión génica obtenidos por microarrays. Uso de R y NIHDAVID.
13. Integración de datos biológicos: estadística multivariante, y minería de datos.
14. Análisis, modelización y caracterización de la expresión génica: redes moleculares.
15. Biotecnología de sistemas: combinación de análisis in silico y ómicos en aplicaciones industriales.
16. Dinámica de sistemas biológicos: Introducción a la Dinámica de Sistemas. Simulación con Vensim de modelos epidemiológicos.
ACTIVIDADES | HORAS PRESENCIALES | HORAS TRABAJO AUTÓNOMO | TOTAL HORAS | CRÉDITOS ECTS | COMPETENCIAS (códigos) |
---|---|---|---|---|---|
A1 - Clases expositivas en gran grupo
|
20.0 | 0.0 | 20.0 | 0.8 |
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A2 - Clases en grupos de prácticas
|
38.0 | 0.0 | 38.0 | 1.52 |
|
A21 - Trabajo autónomo del alumno (estudio, lecturas, p.inf., ejerc., etc.) | 0.0 | 90.0 | 90.0 | 3.6 |
|
A3 - Tutorías colectivas
|
2.0 | 0.0 | 2.0 | 0.08 |
|
TOTALES: | 60.0 | 90.0 | 150.0 | 6.0 |
Descrita previamente.
ASPECTO | CRITERIOS | INSTRUMENTO | PESO |
---|---|---|---|
Asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales | Valoración de la asistencia y participación | Hoja de firmas y participación en clase | 10.0% |
Presentaciones, exposiciones, seminarios y debates | Valoración de la capacidad de realizar presentaciones/exposiciones/seminarios/ debates | Seminarios | 15.0% |
Conceptos teóricos de la materia | Grado de adquisición de los conceptos teóricos | Pruebas de evaluación | 20.0% |
Realización de trabajos, casos o ejercicios | Capacidad de realización de trabajos, casos o ejercicios | Exposición de trabajos, casos o ejercicios | 15.0% |
Prácticas de laboratorio/campo/uso de herramientas TIC | Destreza en la realización de prácticas de laboratorio/campo/informática | Observación por parte del profesor y memoria escrita de prácticas o clases de informática | 40.0% |
La calificación final de la asignatura se obtendrá al sumar las puntuaciones ponderadas obtenidas en cada aspecto de la asignatura. Si la asignatura no se aprueba en su conjunto en la convocatoria Ordinaria I, se guardará la nota de las partes superadas para la convocatoria Extraordinaria II. Para el caso de la convocatoria Extraordinaria II, la calificación de la asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales se podrá sustituir por la realización de una prueba de evaluación escrita.
- Principles of Proteomics. Edición: 2nd ed. Autor: Twyman, Richard M. Editorial: New York ; London : Garland Science, cop.2014 (C. Biblioteca)
- Proteomics in practice: a guide to successful experimental design . Edición: -. Autor: -. Editorial: Weinheim : Wiley-VCH ; Chichester : John Wiley [distributor], 2008 (C. Biblioteca)
- Plant proteomics: technologies, strategies, and applications. Edición: -. Autor: -. Editorial: Hoboken : John Wiley and Sons, 2008 (C. Biblioteca)
- Encyclopedia of genetics, genomics, proteomics, and informatics. Edición: 3rd ed.. Autor: Rédei, George P.. Editorial: New York : Springer, 2008 (C. Biblioteca)
- Fundamentals of Data Mining in Genomics and Proteomics [Recurso electrónico] . Edición: -. Autor: Dubitzky, Werner. Editorial: Boston, MA : Springer Science+Business Media, LLC, 2007. (C. Biblioteca)
- Genomas. Edición: 3a ed.. Autor: Brown, Terry A.. Editorial: Buenos Aires ; Madrid : Médica Panamericana, cop. 2008 (C. Biblioteca)
- Methods of Microarray Data Analysis [Recurso electrónico]. Edición: IV.. Autor: Shoemaker, Jennifer S.. Editorial: Boston, MA : Springer Science + Business Media, Inc. Boston, 2005. (C. Biblioteca)
- Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011 (C. Biblioteca)
- Modern multivariate statistical techniques: regression, classification, and manifold learning. Edición: -. Autor: Izenman, Alan Julian. Editorial: New York : Springer, cop. 2008 (C. Biblioteca)
- Dynamic systems biology modeling and simulation. Edición: -. Autor: DiStefano, Joseph J.. Editorial: Amsterdam : Elsevier, Academic Press, [2013] (C. Biblioteca)
- Genetics: analysis of genes and genomes. Edición: 7th ed.. Autor: Hartl, Daniel L.. Editorial: Sudbury : Jones and Bartlett, 2009. (C. Biblioteca)
El calendario y horario de la asignatura para el curso 2018-2019 se encuentra en la página web:
https://www.uja.es/estudios/oferta-academica/masteres/master-universitario-en-biotecnologia-y-biomedicina#informacion-academica