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Guía docente 2017-18 - 10211010 - Bioinformática
| TITULACIÓN: | Grado en Biología |
| CENTRO: | FACULTAD DE CIENCIAS EXPERIMENTALES |
| CURSO: | 2017-18 |
| ASIGNATURA: | Bioinformática |
| NOMBRE: Bioinformática | |||||
| CÓDIGO: 10211010 | CURSO ACADÉMICO: 2017-18 | ||||
| TIPO: Troncal / Básica | |||||
| Créditos ECTS: 6.0 | CURSO: 1 | CUATRIMESTRE: SC | |||
| WEB: http://dv.ujaen.es/docencia/goto_docencia_crs_137116.html | |||||
| NOMBRE: LORITE MARTÍNEZ, PEDRO | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas [Profesor responsable] | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: 90 - 359 | E-MAIL: plorite@ujaen.es | TLF: 82769 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/47640 | ||
| URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9692-5870 | ||
| NOMBRE: GACTO COLORADO, Mª JOSÉ | ||
| IMPARTE: Teoría - Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA | ||
| ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL | ||
| N. DESPACHO: A3 - 243 | E-MAIL: mgacto@ujaen.es | TLF: 953212261 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/86976 | ||
| URL WEB: http://wwwdi.ujaen.es/?q=es/mgacto | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9895-9647 | ||
| NOMBRE: CARUZ ARCOS, ANTONIO JOSÉ | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - 344 | E-MAIL: caruz@ujaen.es | TLF: 953212706 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/58224 | ||
| URL WEB: www.ujaen.es/investiga/inmunoge | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5788-7840 | ||
| NOMBRE: GUTIÉRREZ SANTIAGO, FRANCISCO | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - 078 | E-MAIL: fgutierr@ujaen.es | TLF: - |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/141547 | ||
| URL WEB: fgutierr@ujaen.es | ||
| ORCID: - | ||
| NOMBRE: MARCHAL ORTEGA, JUAN ALBERTO | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL | ||
| ÁREA: 420 - GENÉTICA | ||
| N. DESPACHO: B3 - B3-304 | E-MAIL: jamaor@ujaen.es | TLF: 953213361 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/35432 | ||
| URL WEB: jamaor@ujaen.es | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2008-610X | ||
| NOMBRE: PÉREZ CORDÓN, LUIS GONZAGA | ||
| IMPARTE: Prácticas | ||
| DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA | ||
| ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL | ||
| N. DESPACHO: A3 - 240 | E-MAIL: lgonzaga@ujaen.es | TLF: 953213018 |
| TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/71853 | ||
| URL WEB: http://wwwdi.ujaen.es/?q=es/lgonzaga | ||
| ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0753-6460 | ||
| Código | Denominación de la competencia |
| CE10 | Ser capaz de utilizar aplicaciones informáticas para el estudio de biomoléculas |
| CE41 | Ser capaz de utilizar programas informáticos de análisis de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas |
| CE53 | Realizar análisis filogenéticos |
| CG1 | Aprender a planificar e interpretar los resultados de los análisis experimentales desde el punto de vista de la significación estadística |
| CT1 | Adquirir capacidad de gestión de la información, análisis y síntesis |
| CT10 | Formar profesionales con sólidos valores éticos relacionados con los derechos fundamentales del ser humano, y de modo destacado los relacionados con la igualdad y no discriminación entre seres humanos. |
| CT2 | Adquirir capacidad de organización planificación y trabajo en grupo |
| CT3 | Ser capaz de comunicarse correctamente de forma oral y escrita en la lengua materna |
| CT4 | Conocer una lengua extranjera |
| CT5 | Ser capaz de resolver problemas y aplicar conocimientos teóricos a la práctica |
| CT6 | Desarrollar actitudes críticas basadas en el conocimiento |
| CT7 | Ser capaz de realizar aprendizaje autónomo para el desarrollo continuo profesional |
| CT8 | Ser capaz de adaptarse a nuevas situaciones y de tomar decisiones |
| CT9 | Tener sensibilidad hacia temas de índole social y medioambiental |
| Resultados de aprendizaje | |
| Resultado 211010A | 1. Desarrollar habilidades relacionadas con las nuevas tecnologías digitales y su integración en el ejercicio profesional. |
| Resultado 211010B | 2. Ser capaz de realizar búsquedas avanzadas en las diferentes bases de datos biológicas públicas. |
| Resultado 211010C | 3. Desarrollar criterios de decisión para seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolución de diferentes tipos de problemas. |
| Resultado 211010D | 4. Saber seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolver diferentes tipos de problemas. |
Bioinformática: consideraciones generales. Información biológica en formato electrónico. Análisis de secuencias. Filogenias y árboles filogenéticos. Dinámica de Sistemas en Biología. Análisis de imagen aplicado a la Biología.
Contenidos teóricos:
Unidad 1 - Bioinformática: consideraciones generales. Información en biología. La explosión de la información biológica. Definición de bioinformática. Vías de acceso a la información según la problemática.
Unidad 2 – Información biológica en formato electrónico. Aspectos computacionales básicos en bioinformática. La bioinformática y las bases de datos. Introducción a las bases de datos: características, acceso y principales herramientas de búsqueda. Formatos. Acceso a bases de datos web. Principales bases de datos biológicas.
Unidad 3 – Dinámica de Sistemas en Biología. La dinámica de sistemas. El problema biológico y la definición del sistema. El diagrama causal. Creación y simulación del modelo. Aplicaciones en biología.
Unidad 4 – Análisis de imagen aplicado a la Biología. La imagen digital. Procesamiento y análisis de imagen. Manejo de información espacial y espectral en imágenes de interés biológico. Morfometría.
Unidad 5 – Análisis de secuencias. Análisis de secuencias basado en aspectos composicionales. Búsqueda de patrones y motivos en secuencias. Estrategias básicas para la búsqueda de similitud entre secuencias. Comparación entre pares de secuencias y alineamientos múltiples. Búsqueda de secuencias similares en bases de datos: BLAST, FASTA.
Unidad 6 – Filogenias y árboles filogenéticos. Conceptos básicos de filogenia y evolución molecular. Filogenias basadas en datos morfológicos versus filogenias moleculares. Análisis filogenético basado en secuencias. Métodos de estimación de distancias evolutivas. Principales métodos para la construcción de árboles filogenéticos. Representación gráfica de árboles filogenéticos.
Contenidos de prácticas y seminarios:
- Bases de datos I
- Bases de datos II
- Dinámica de sistemas
- Análisis de imágenes
- Bases de datos de ADN y proteínas
- Análisis de secuencias I
- Análisis de secuencias II
- Filogenias moleculares
| ACTIVIDADES | HORAS PRESENCIALES | HORAS TRABAJO AUTÓNOMO | TOTAL HORAS | CRÉDITOS ECTS | COMPETENCIAS (códigos) |
|---|---|---|---|---|---|
A1 - Clases expositivas en gran grupo
|
24.0 | 36.0 | 60.0 | 2.4 |
|
A2 - Clases en grupos de prácticas
|
36.0 | 54.0 | 90.0 | 3.6 |
|
| TOTALES: | 60.0 | 90.0 | 150.0 | 6.0 |
El material docente estará disponible en la plataforma de docencia virtual de la universidad. Además, recibirá el apoyo tutorial por parte del equipo docente que le orientará personalmente para realizar su tarea de aprendizaje. Clases expositivas: Presentación de la asignatura e introducción de bloques temáticos donde se aporta una visión global e integrada de las unidades que se van a estudiar dentro de cada bloque. Permiten adquirir las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53 Prácticas: Sesiones académicas teórico-prácticas, desarrolladas en el aula de informática, en las que el profesor explicará los contenidos de cada tema y el alumno, guiado por el profesor, irá utilizando las diferentes bases de datos y programas bioinformáticos. Permiten al alumno adquirir las competencias: CT1, CT2, CT3, CT5, CT7, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53 Seminarios: Sesiones desarrolladas en el aula de informáticas con grupos reducidos de alumnos, en las que el alumno, en pequeño grupo o de forma autónoma, resolverá supuestos prácticos abordados en las clases presenciales y de prácticas. Permiten al alumno adquirir las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT7, CT8, CG2, CG7, CE10, CE41, CE53
| ASPECTO | CRITERIOS | INSTRUMENTO | PESO |
|---|---|---|---|
| Asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales | Asistencia y participación | Control de asistencia y participación | 0.0% |
| Conceptos teóricos de la materia | Dominio de los conocimientos teóricos y operativos de la materia. | Examen | 25.0% |
| Realización de trabajos, casos o ejercicios | Dominio en la resolución de problemas, casos prácticos y programas informáticos relacionados con la materia. | Presentación de los trabajos y problemas propuestos en el aula de informática. | 75.0% |
La evaluación será continua, y atenderá a varios niveles y distintos aspectos, considerándose: La calificación del examen escrito. Se evaluarán las diferentes actividades propuestas para cada unidad temática, donde se valorarán los conocimientos adquiridos, especialmente, su capacidad para la aplicación de los mismos a situaciones prácticas concretas. Permitirá evaluar las competencias: CT1, CT3, CT5, CG1, CE10, CE41, CE53. La resolución de problemas propuestos en el aula de informática, los trabajos escritos y los seminarios, tanto durante su desarrollo (que se podrá seguir durante las horas tutorizadas), como en su presentación final. Permitirá evaluar las competencias: CT1, CT2, CT3, CT4, CT5, CT6, CT7, CT8, CT9, CT10, CG1, CE10, CE41, CE53.
- Introduction to bioinformatics. Edición: 2ª ed. Autor: Lesk, Arthur M.. Editorial: Oxford: Oxford University Press, cop. 2006 (C. Biblioteca)
- Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011 (C. Biblioteca)
- Digital image processing. Edición: 3rd ed. Autor: González, Rafael C. Editorial: Upper Saddle River, NJ. : Prentice-Hall, 2008 (C. Biblioteca)
- Bioinformatics for dna sequence analysis. Edición: -. Autor: -. Editorial: New York : springer, [2009] (C. Biblioteca)
- Bioinformatics for dna sequence analysis. Edición: -. Autor: -. Editorial: New York : springer, [2009] (C. Biblioteca)
| Semana | A1 - Clases expositivas en gran grupo | A2 - Clases en grupos de prácticas | Trabajo autónomo | Observaciones | |
|---|---|---|---|---|---|
| Nº 1 29 ene. - 4 feb. 2018 |
4.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 2 5 - 11 feb. 2018 |
3.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 3 12 - 18 feb. 2018 |
1.0 | 5.0 | 0.0 | ||
| Nº 4 19 - 25 feb. 2018 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 5 26 feb. - 4 mar. 2018 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 6 5 - 11 mar. 2018 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 7 12 - 18 mar. 2018 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 8 19 - 25 mar. 2018 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Período no docente: 26 mar. - 1 abr. 2018 | |||||
| Nº 9 2 - 8 abr. 2018 |
1.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 10 9 - 15 abr. 2018 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 11 16 - 22 abr. 2018 |
2.0 | 4.0 | 0.0 | ||
| Nº 12 23 - 29 abr. 2018 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 13 30 abr. - 6 may. 2018 |
1.0 | 0.0 | 0.0 | ||
| Nº 14 7 - 13 may. 2018 |
1.0 | 10.0 | 0.0 | ||
| Nº 15 14 - 20 may. 2018 |
1.0 | 1.0 | 0.0 | ||
| Total Horas | 24.0 | 36.0 | 0.0 | ||