Universidad de Jaén

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Guía docente 2013-14 - 10211010 - Bioinformática



TITULACIÓN: Grado en Biología
CENTRO: FACULTAD DE CIENCIAS EXPERIMENTALES
CURSO: 2013-14
ASIGNATURA: Bioinformática
GUÍA DOCENTE
1. DATOS BÁSICOS DE LA ASIGNATURA
NOMBRE: Bioinformática
CÓDIGO: 10211010 CURSO ACADÉMICO: 2013-14
TIPO: Troncal / Básica
Créditos ECTS: 6.0 CURSO: - CUATRIMESTRE: SC
WEB: http://dv.ujaen.es/docencia/goto_docencia_crs_137116.html
2. DATOS BÁSICOS DEL PROFESORADO
NOMBRE: LORITE MARTÍNEZ, PEDRO
IMPARTE: Teoría [Profesor responsable]
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: 90 - 359 E-MAIL: plorite@ujaen.es TLF: 82769
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/47640
URL WEB: http://www10.ujaen.es/conocenos/departamentos/bioexp
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9692-5870
NOMBRE: GACTO COLORADO, Mª JOSÉ
IMPARTE: Teoría - Prácticas
DEPARTAMENTO: U118 - INFORMÁTICA
ÁREA: 075 - CIENCIA DE LA COMPUTACIÓN E INT. ARTIFICIAL
N. DESPACHO: A3 - 243 E-MAIL: mgacto@ujaen.es TLF: 953212261
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/86976
URL WEB: http://wwwdi.ujaen.es/?q=es/mgacto
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9895-9647
NOMBRE: LEYVA PÉREZ, MARÍA DE LA O
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: B3 - 078 E-MAIL: mleyva@ujaen.es TLF: 83095
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/126487
URL WEB: http://www.ujaen.es/dep/bioexp/Genetica/WEBAreaGenetica/index.html
ORCID: -
NOMBRE: ROMERO FERNÁNDEZ, ISMAEL
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: - E-MAIL: - TLF: -
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/30674
URL WEB: -
ORCID: -
NOMBRE: SANLLORENTE BOLINCHES, OLIVIA MARIA
IMPARTE: Prácticas
DEPARTAMENTO: U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
ÁREA: 420 - GENÉTICA
N. DESPACHO: B3 - 207 E-MAIL: omsanllo@ujaen.es TLF: 935213425
TUTORÍAS: https://uvirtual.ujaen.es/pub/es/informacionacademica/tutorias/p/131348
URL WEB: http://www.ujaen.es/investiga/cvi220/Formicidos/formicidos.html
ORCID: -
3. PRERREQUISITOS, CONTEXTO Y RECOMENDACIONES
PRERREQUISITOS:
-
CONTEXTO DENTRO DE LA TITULACIÓN:
.
RECOMENDACIONES Y ADAPTACIONES CURRICULARES:
- El alumnado que presente necesidades específicas de apoyo educativo, lo ha de notificar personalmente al Servicio de Atención y Ayudas al Estudiante para proceder a realizar, en su caso, la adaptación curricular correspondiente.
4. COMPETENCIAS Y RESULTADOS DE APRENDIZAJE
Código Denominación de la competencia
CE10 Ser capaz de utilizar aplicaciones informáticas para el estudio de biomoléculas
CE41 Ser capaz de utilizar programas informáticos de análisis de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas
CE53 Realizar análisis filogenéticos
CG2 Aprender el manejo de las bases de datos y de programas informáticos que pueden emplearse en el ámbito de Ciencias de la Vida
CG7 Utilizar las fuentes de información dentro del ámbito de las Ciencias de la Vida
CT1 Adquirir capacidad de gestión de la información, análisis y síntesis
CT10 Formar profesionales con sólidos valores éticos relacionados con los derechos fundamentales del ser humano, y de modo destacado los relacionados con la igualdad y no discriminación entre seres humanos.
CT2 Adquirir capacidad de organización planificación y trabajo en grupo
CT3 Ser capaz de comunicarse correctamente de forma oral y escrita en la lengua materna
CT4 Conocer una lengua extranjera
CT5 Ser capaz de resolver problemas y aplicar conocimientos teóricos a la práctica
CT6 Desarrollar actitudes críticas basadas en el conocimiento
CT7 Ser capaz de realizar aprendizaje autónomo para el desarrollo continuo profesional
CT8 Ser capaz de adaptarse a nuevas situaciones y de tomar decisiones
CT9 Tener sensibilidad hacia temas de índole social y medioambiental
 
Resultados de aprendizaje
Resultado 211010A 1. Desarrollar habilidades relacionadas con las nuevas tecnologías digitales y su integración en el ejercicio profesional.
Resultado 211010B 2. Ser capaz de realizar búsquedas avanzadas en las diferentes bases de datos biológicas públicas.
Resultado 211010C 3. Desarrollar criterios de decisión para seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolución de diferentes tipos de problemas.
Resultado 211010D 4. Saber seleccionar aplicaciones bioinformáticas para resolver diferentes tipos de problemas.
5. CONTENIDOS

1. Bioinformática: consideraciones generales. 2. Información biológica en formato electrónico. 3. Análisis de secuencias. 4. Filogenias y árboles filogenéticos. 5. Dinámica de Sistemas en Biología. 6. Análisis de imagen aplicado a la Biología.

Contenidos teóricos: Unidad 1 - Bioinformática: consideraciones generales. Información en biología. La explosión de la información biológica. Definición de bioinformática. Vías de acceso a la información según la problemática. Unidad 2 – Información biológica en formato electrónico. Aspectos computacionales básicos en bioinformática. La bioinformática y las bases de datos. Introducción a las bases de datos: características, acceso y principales herramientas de búsqueda. Formatos. Redes e internet. Acceso a bases de datos web. Principales bases de datos biológicas. Unidad 3 – Análisis de secuencias. Bases de datos de ADN y proteínas. Análisis de secuencias basado en aspectos composicionales. Búsqueda de patrones y motivos en secuencias. Estrategias básicas para la búsqueda de similitud entre secuencias. Comparación entre pares de secuencias y alineamientos múltiples. El proyecto genoma humano. Búsqueda de secuencias similares en bases de datos: BLAST, FASTA. Unidad 4 – Filogenias y árboles filogenéticos. Conceptos básicos de filogenia y evolución molecular. Filogenias basadas en datos morfológicos versus filogenias moleculares. Análisis filogenético basado en secuencias. Métodos de estimación de distancias evolutivas. Principales métodos para la construcción de árboles filogenéticos. Representación gráfica de árboles filogenéticos. Unidad 5 – Dinámica de Sistemas en Biología. La dinámica de sistemas. El problema biológico y la definición del sistema. El diagrama causal. Creación y simulación del modelo. Aplicaciones en biología. Unidad 6 – Análisis de imagen aplicado a la Biología. La imagen digital. Procesamiento y análisis de imagen. Manejo de información espacial y espectral en imágenes de interés biológico. Morfometría. Contenidos de prácticas: 1. Aspectos computacionales básicos en bioinformática 2. Bases de datos biológicas 3. Bases de datos de ADN y proteínas 4. Análisis de secuencias I 5. Análisis de secuencias II. 6. Filogenias moleculares. 7. Dinámica de sistemas II 8. Análisis de imagen

6. METODOLOGÍA Y ACTIVIDADES
 
ACTIVIDADES HORAS PRESEN­CIALES HORAS TRABAJO AUTÓ­NOMO TOTAL HORAS CRÉDITOS ECTS COMPETENCIAS (códigos)
A1 - Clases expositivas en gran grupo
  • M1 - Clases magistrales
  • M2 - Exposición de teoría y ejemplos generales
 25.0 37.5 62.5 2.5
  • CE10
  • CE41
  • CE53
  • CG2
  • CG7
  • CT1
  • CT10
  • CT2
  • CT3
  • CT4
  • CT5
  • CT6
  • CT7
  • CT8
  • CT9
A2 - Clases en grupos de prácticas 35.0 52.5 87.5 3.5
  • CE10
  • CE41
  • CE53
  • CG2
  • CG7
  • CT1
  • CT2
  • CT3
  • CT4
  • CT5
  • CT7
  • CT8
TOTALES: 60.0 90.0 150.0 6.0  
 
INFORMACIÓN DETALLADA:
.
7. SISTEMA DE EVALUACIÓN
 
ASPECTO CRITERIOS INSTRUMENTO PESO
Conceptos teóricos de la materia Dominio de los conocimientos teóricos y operativos de la materia. Examen 25.0%
Realización de trabajos, casos o ejercicios Dominio en la resolución de problemas, casos prácticos y programas informáticos relacionados con la materia. Presentación de los trabajos y problemas propuestos en el aula de informática. 75.0%
El sistema de calificación se regirá por lo establecido en el RD 1125/2003 de 5 de septiembre por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en la titulaciones universitarias de carácter oficial
INFORMACIÓN DETALLADA:
.
8. DOCUMENTACIÓN / BIBLIOGRAFÍA
ESPECÍFICA O BÁSICA:
  • Introduction to bioinformatics. Edición: 2ª ed. Autor: Lesk, Arthur M.. Editorial: Oxford: Oxford University Press, cop. 2006  (C. Biblioteca)
  • Teoría y ejercicios prácticos de dinámica de sistemas. Edición: [3ª̇ ed. revisada y ampliada]. Autor: Martín García, Juan. Editorial: Barcelona : El autor, 2011  (C. Biblioteca)
  • Digital image processing. Edición: 3rd ed. Autor: González, Rafael C. Editorial: Upper Saddle River, NJ. : Prentice-Hall, 2008  (C. Biblioteca)
GENERAL Y COMPLEMENTARIA:
  • Bioinformatics for dna sequence analysis. Edición: -. Autor: -. Editorial: New York : springer, [2009]  (C. Biblioteca)
  • Bioinformatics for dna sequence analysis. Edición: -. Autor: -. Editorial: New York : springer, [2009]  (C. Biblioteca)
9. CRONOGRAMA (segundo cuatrimestre)
 
Semana A1 - Clases expositivas en gran grupo A2 - Clases en grupos de prácticas Trabajo autónomo Observaciones
Nº 1
27 ene. - 2 feb. 2014		       
Nº 2
3 - 9 feb. 2014		       
Nº 3
10 - 16 feb. 2014		       
Nº 4
17 - 23 feb. 2014		       
Nº 5
24 feb. - 2 mar. 2014		       
Nº 6
3 - 9 mar. 2014		       
Nº 7
10 - 16 mar. 2014		       
Nº 8
17 - 23 mar. 2014		       
Nº 9
24 - 30 mar. 2014		       
Nº 10
31 mar. - 6 abr. 2014		       
Nº 11
7 - 11 abr. 2014		       
Período no docente: 12 - 20 abr. 2014
Nº 12
21 - 27 abr. 2014		       
Nº 13
28 abr. - 4 may. 2014		       
Nº 14
5 - 11 may. 2014		       
Nº 15
12 - 16 may. 2014		       
Total Horas 0.0 0.0 0.0