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Guía Docente
76712002-Proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas
Curso Académico 2025-26
FICHA IDENTIFICATIVA
Datos de la asignatura:
Código:
76712002
Nombre:
Proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas
Centro:
Centro de Estudios de Postgrado
Titulación:
Máster Univ. en Biotecnología y biomedicina
Curso:
1
Cuatrimestre:
PRIMER CUATRIMESTRE
Tipo:
Obligatoria
Idioma de impartición:
Español
Nivel PATIE:
PATIE 1
Plataforma de teleformación:
Modalidad de impartición:
Presencial
Información adicional (PROF)
Profesorado externo: Carlos Fuentes Almagro, Universidad de Córdoba Eduardo Chicano Gálvez, IMSMI, Universidad de Córdoba




PROFESORADO

COORDINACIÓN
Nombre:
PERAGÓN SÁNCHEZ, JUAN
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
060 - BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
Categoría:
CATEDRATICO DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 356
Correo-e:
jperagon@ujaen.es
Teléfono:
953212523

EQUIPO DOCENTE
Nombre:
BEGARA MORALES, JUAN CARLOS
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
060 - BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
Categoría:
TITULAR DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 08
Correo-e:
jbegara@ujaen.es
Teléfono:
953213058
ORCID:
-
URL web:
-
Nombre:
CAÑUELO NAVARRO, ANA ROSA
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
060 - BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR
Categoría:
TITULAR DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 302
Correo-e:
acanuelo@ujaen.es
Teléfono:
2767
URL web:
http://www4.ujaen.es/~acanuelo/
Nombre:
CHICANO GÁLVEZ, EDUARDO
Departamento:
-
Área:
-
Categoría:
PROFESOR EXTERNO
Despacho:
-
Correo-e:
-
Teléfono:
-
ORCID:
-
URL web:
-
Nombre:
ESTEBAN RUIZ, FRANCISCO JOSÉ
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
050 - BIOLOGÍA CELULAR
Categoría:
TITULAR DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - B3-342
Correo-e:
festeban@ujaen.es
Teléfono:
935212760
URL web:
http://www4.ujaen.es/~festeban/
Nombre:
FUENTES ALMAGRO, CARLOS
Departamento:
-
Área:
-
Categoría:
PROFESOR EXTERNO
Despacho:
-
Correo-e:
-
Teléfono:
-
ORCID:
-
URL web:
-
Nombre:
GRANADINO ROLDÁN, JOSÉ MANUEL
Departamento:
U127 - QUÍMICA FÍSICA Y ANALÍTICA
Área:
755 - QUÍMICA FÍSICA
Categoría:
TITULAR DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 123
Correo-e:
jmroldan@ujaen.es
Teléfono:
-
URL web:
-
Nombre:
RODRÍGUEZ AVI, JOSÉ
Departamento:
U112 - ESTADISTICA E INVESTIGACIÓN OPERATIVA
Área:
265 - ESTADÍSTICA E INVESTIGACIÓN OPERATIVA
Categoría:
TITULAR DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 058
Correo-e:
jravi@ujaen.es
Teléfono:
953212207
URL web:
-
Nombre:
ARANDA CAÑO, LORENA
Departamento:
IUIOAO - INSTITUTO UNIV.DE INV.EN OLIVAR Y ACEIT
Área:
AIUIOAO - INSTITUTO UNIV.DE INV.EN OLIVAR Y ACEIT
Categoría:
INVESTIGADOR DOCTOR
Despacho:
B3 - B3-078
Correo-e:
laranda@ujaen.es
Teléfono:
-
ORCID:
-
URL web:
laranda@ujaen.es
Nombre:
CARUZ ARCOS, ANTONIO JOSÉ
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
420 - GENÉTICA
Categoría:
CATEDRATICO DE UNIVERSIDAD
Despacho:
B3 - 344
Correo-e:
caruz@ujaen.es
Teléfono:
953212706
URL web:
www.ujaen.es/investiga/inmunoge
Nombre:
NAVARRO GÓMEZ, FRANCISCO NICOLÁS
Departamento:
U103 - BIOLOGÍA EXPERIMENTAL
Área:
420 - GENÉTICA
Categoría:
CATEDRATICO DE UNIVERSIDAD
Despacho:
90 - 355
Correo-e:
fngomez@ujaen.es
Teléfono:
-
URL web:
https://web.ujaen.es/investiga/cvi258/




RESUMEN
Conocimientos previos y recomendaciones
Esta asignatura está ubicada en el Módulo 1: Fundamentos y Técnicas de Biología Molecular, Celular y Genética, en el que se desarrollan los principios básicos y comunes en los que se sustentan los otros módulos de la titulación.Se estudian los fundamentos, técnicas y aplicaciones de la proteómica, genómica y bioinformática. Además de las técnicas básicas de laboratorio, se manejarán los principales programas y bases de datos para el estudio de genes y proteínas a nivel individual y en análisis masivos.La docencia será impartida en lengua española. Sin embargo, esta asignatura está adscrita al programa PATIE de la Universidad de Jaén por lo que se suministrará apoyo en inglés para estudiantado extranjero (materiales, tutorización y pruebas de evaluación).Para el alumnado no hispanohablante, se recomienda estar en posesión de una acreditación de, al menos, un nivel B1 de inglés o un nivel B1 de español.Para estudiantes ERASMUS que elijan esta asignatura, se recomienda estar en posesión del título de grado de alguna disciplina relacionada con las ciencias biomoleculares.El alumnado que presente necesidades específicas de apoyo educativo, lo ha de notificar personalmente alServicio de Atención y Ayudas al Estudiante para proceder a realizar, en su caso, la adaptación curricularcorrespondiente.
Breve resumen de la asignatura (según memoria RUCT)
Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones-proteína ligando. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-D, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. Pro teoRed. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc. Genómica estructural. Genómica funcional. Bases de datos y aplicaciones informáticas de genómica y proteómica. Entornos de programación en bioinformática: intérpretes de coman dos. Análisis e integración de datos de 'ómicas': agrupamiento, estadística multivariante y minería de datos. Modelización: redes moleculares y dinámi ca de sistemas.
Prerrequisitos
-




COMPETENCIAS / RESULTADOS DEL PROCESO DE FORMACIÓN Y APRENDIZAJE

código

Denominación de la competencia

CB10 Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.
CB6 Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación
CB7 Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio
CB8 Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios
CB9 Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades
CE2-1 Conocer los fundamentos, técnicas y aplicaciones de la proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas
CE2-2 Adquirir las habilidades técnicas apropiadas en proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas
CE2-3 Conocer y manejar bases de datos y programas de bioinformática
CE2-4 Realizar análisis de datos masivos 'ómicos'
CG1 Manejar bibliografía y documentación científica en inglés
CG2 Diseñar y planificar experimentos de investigación
CG3 Ejecutar experimentos de investigación así como interpretar los resultados
CG4 Diseñar estrategias experimentales alternativas
CG6 Capacidad de crítica y argumentación así como de exposición escrita y oral de proyectos de investigación y sus resultados
CG7 Saber utilizar y sacar el máximo rendimiento de las herramientas bioinformáticas, estadísticas y matemáticas
CT1 Fomentar el respeto a los derechos fundamentales y de igualdad de oportunidades entre hombres y mujeres, los principios de igualdad de oportunidades y accesibilidad universal de las personas con discapacidad y los valores propios de una cultura de paz y valores democráticos.
CT2 Desarrollar espíritu crítico y constructivo, con actitud positiva frente al conocimiento
CT3 Demostrar capacidad de generación de nuevas ideas (creatividad)
CT4 Desarrollar capacidad de trabajo en equipo, de líder, de diálogo, de crítica y autocrítica
CT5 Espíritu innovador y emprendedor
CT6 Motivación por la calidad
CT7 Compromiso ético con personas, organismos públicos y/o privados y con el entorno interno y externo de las organizaciones
 
Resultados de aprendizaje

Resultado R3

Haber adquirido conocimientos avanzados en proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas.

Resultado R4

Haber adquirido habilidades para realizar técnicas de proteómica, genómica, bioinformática y biología de sistemas.

Resultado R5

Ser capaz de manejar bases de datos, programas de bioinformática y realizar análisis de datos masivos.

 

 





DESCRIPCIÓN DE CONTENIDOS
Teoría

1. Fundamentos de proteómica: Plegamiento, transporte, recambio, maduración, degradación de proteínas e interacciones proteína-lingando.
2. Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-DE, HPLC-MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed.
3. Aplicaciones de la espectrometría de masas en proteómica.
4. Aplicaciones de la proteómica en el diagnóstico, descubrimiento de medicamentos, agricultura, industria, etc.
5. Prácticas de Laboratorio. A) Realización en el laboratorio de una electroforesis bidimensional (2-DE) y su análisis posterior para estudiar el efecto del ayuno sobre el proteoma de hígado de rata. 5.1. Preparación de la muestra. 5.2. Isoelectroenfoque sobre tiras IPG. 5.3. Equilibrado de las tiras y preparación de la SDS-PAGE. 5.4. SDSPAGE. 5.5. Tinción y análisis de proteínas. Tinción con azul Coomasie y Sypro-Rubi. 5.6. Introducción a PDQuest R (BioRad Laboratories). 5.7. Métodos de análisis por espectrometría de masas de las manchas expresadasdiferencialmente. 5.8. Presentación de resultados. Identificación de proteínas y proteómica funcional. B) Métodos y equipos disponibles en la Universidad de Jaén para realización de estudios de proteómica. nLC-MS (Orbitrap).
6. Diseño computacional de fármacos.
7. Introducción a la genómica estructural: secuenciación de genomas completos, estructuras de los genomas de bacterias, hongos, plantas y animales.
8. Introducción a la genómica funcional: principales técnicas de medida de la expresión génica masiva y anotación funcional de genomas.
9. Bases de datos de Genética Molecular: 9.1. Nucleótidos: EMBL y Genbank con sus subdivisiones (dbGSS, dbSTS, dbSNP). 9.2. Proteínas: NCBI, Expasy, EMBL; estructura molecular de proteínas: NCBI, RELIBASE, 3Dee. 9.3. Bases de datos del proyecto genoma humano (centro Sanger), de proyectos de secuenciación de genomas completos (S. cerevisiae, B. subtilis, A. Thaliana, etc). 9.4. Bibliográficas (PubMed). 9.5. OMIM (On line Mendelian Inheritance in Man): enferemedades hereditarias humanas y sus mutaciones asociadas.
10. Obtención y análisis de secuencias de ADN y proteínas. 10.1. Secuenciación práctica de ADN en secuenciados automático; alineamiento y comparación de secuencias (BLAST, FASTA, CLUSTAL). 10.2. Análisis de secuencias de ADN (seqaid, DNAsis, GCG).
11. Otros programas informáticos en genética Molecular: 11.1. Búsqueda de genes, exones, y promotores (Genscan, BCM search launcher). 11.2. Cálculo de condiciones de PCR (oligo, Melting). 11.3. Cálculo de estructura secundaria del ARN (Fold). 11.4. Análisis de proteínas y motivos funcionales (EMBOSS, Prosite, Expasy). 11.5. Estudios de asociación genética de marcadores simples, haplotipos y Genome Wide.
12. Análisis de datos: Análisis de datos de expresión génica obtenidos por microarrays. Uso de R y NIHDAVID.
13. Integración de datos biológicos: estadística multivariante, y minería de datos.
14. Análisis, modelización y caracterización de la expresión génica: redes moleculares.
15. Biotecnología de sistemas: combinación de análisis in silico y ómicos en aplicaciones industriales.
16. Dinámica de sistemas biológicos: modelización y simulación
 

Práctica

Técnicas y métodos de preparación de muestra, separación (2-D, HPLC- MS, otros), identificación y cuantificación en proteómica. Microarrays de proteínas. ProteoRed. Bases de datos y aplicaciones informáticas de genómica y proteómica. Entornos de programación en bioinformática: intérpretes de comandos. Análisis e integración de datos de "ómicas": agrupamiento, estadística multivariante y minería de datos. Modelización: redes moleculares y dinámica de sistemas.





METODOLOGÍAS DOCENTES Y ACTIVIDADES FORMATIVAS
Información adicional
-
Metodologías docentes
M1 M1 Clases expositivas: Clases magistrales
M2 M2 Clases expositivas: Exposición de teoría y ejemplos generales
M4 M4 Clases expositivas: Conferencias
M5 M5 Clases prácticas: Visitas técnicas
M6 M6 Clases prácticas: Resolución de ejercicios/problemas
M7 M7 Clases prácticas: Prácticas de laboratorio/campo/informática
M9  M9 Clases prácticas: Seminarios/Debates
M10 M10 Tutorías colectivas/individuales: Supervisión de trabajos dirigidos


 

 

Actividades formativas
ACTIVIDADES HORAS PRESEN­CIALES HORAS TRABAJO AUTÓ­NOMO TOTAL HORAS CRÉDITOS ECTS COMPETENCIAS (códigos)
A1 - Clases expositivas en gran grupo 20.0 0.0 20.0 0.8
  • CB10
  • CB6
  • CB7
  • CB8
  • CB9
  • CE2-1
  • CE2-2
  • CE2-3
  • CG1
  • CG6
  • CG7
  • CT1
  • CT2
  • CT3
  • CT5
  • CT6
  • CT7
A2 - Clases en grupos de prácticas 38.0 0.0 38.0 1.52
  • CB10
  • CB6
  • CB7
  • CB8
  • CB9
  • CE2-1
  • CE2-2
  • CE2-3
  • CE2-4
  • CG1
  • CG2
  • CG3
  • CG4
  • CG6
  • CG7
  • CT1
  • CT2
  • CT3
  • CT4
  • CT5
  • CT6
  • CT7
A21 - Trabajo autónomo del alumno (estudio, lecturas, p.inf., ejerc., etc.) 0.0 90.0 90.0 3.6
  • CB10
  • CB6
  • CB7
  • CB8
  • CB9
  • CE2-1
  • CE2-2
  • CE2-3
  • CE2-4
  • CG1
  • CG6
A3 - Tutorías colectivas 2.0 0.0 2.0 0.08
  • CB10
  • CB7
  • CB8
  • CB9
  • CE2-1
  • CE2-2
  • CE2-3
  • CE2-4
  • CG6
TOTALES: 60.0 90.0 150.0 6.0  




SISTEMAS DE EVALUACIÓN
Sistemas de evaluación (específico)

Valoración de la asistencia. Hoja de firmas 5.0%
Valoración de la participación. Hojas de control de participación en clase y actividades. 5.0%

Valoración de los conocimientos sobre conceptos teóricos de la materia
Grado de adquisición de los conceptos teóricos. Pruebas de evaluación 20.0%
 

Valoración de la capacidad de realización de trabajos, casos o ejercicios. Capacidad de realización de
trabajos, casos o ejercicios. Exposición de trabajos, casos o ejercicios 15.0%
 

Valoración de la destreza en la realización de prácticas de laboratorio/campo/informática. 
Destreza en la realización de prácticas de laboratorio/campo/informática.
Observación por parte del profesor y memoria escrita de prácticas o clases de informática 45.0%
 

Valoración de la capacidad de realizar presentaciones/ exposiciones/seminarios/debates
Valoración de la capacidad de realizar presentaciones/exposiciones/seminarios/ debates
Seminarios 10.0%

El sistema de calificación se regirá por lo establecido en el RD 1125/2003 de 5 de septiembre por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en la titulaciones universitarias de carácter oficial.

La calificación final de la asignatura se obtendrá al sumar las puntuaciones ponderadas obtenidas en cada aspecto de la asignatura. Si la asignatura no se aprueba en su conjunto en la convocatoria Ordinaria I, se guardará la nota de las partes superadas para la convocatoria Extraordinaria II. Para el caso de la convocatoria Extraordinaria II la calificación de la asistencia y/o participación en actividades presenciales y/o virtuales se podrá sustituir por la  realización de una prueba de evaluación escrita.

Sistemas de evaluación (general)
S1 Valoración de la asistencia   5.0 - 15.0
S2 Valoración de la participación   5.0 - 15.0
S3 Valoración de los conocimientos sobre conceptos teóricos de la materia   0.0 - 50.0
S4 Valoración de la capacidad de realización de trabajos, casos o ejercicios   10.0 - 30.0
S5 Valoración de la destreza en la realización de prácticas de laboratorio/campo/informática   10.0 - 50.0
S6 Valoración de la capacidad de realizar presentaciones/exposiciones/seminarios/debates   10.0 - 40.0




BIBLIOGRAFÍA
Bibliografía
  1. Principles Of Proteomics / . Autor: Twyman, Richard M.. Editorial: Garland Science,.


  2. Proteomics In Practice: A Guide To Successful Experimental Design . Autor: Wiley-VCH. Editorial: 9783527319411.


  3. Plant Proteomics: Technologies, Strategies, And Applications . Autor: John Wiley and Sons. Editorial: 9780470069769.


  4. Encyclopedia Of Genetics, Genomics, Proteomics And Informatics . Autor: Rédei, George P.. Editorial: Springer.


  5. Fundamentals Of Data Mining In Genomics And Proteomics . Autor: Springer. Editorial: 1-280-85254-2.


  6. Genomas. Autor: Brown, Terry A.. Editorial: Médica Panamericana.


  7. Methods Of Microarray Data Analysis Iv . Autor: Springer. Editorial: 9786610427505.


  8. Teoría Y Ejercicios Prácticos De Dinámica De Sistemas . Autor: Martín García, Juan.. Editorial: El autor.


  9. Manual De Proteómica. Autor: Sociedad Española de Proteómica, 2025.


  10. Dynamic Systems Biology Modeling And Simulation . Autor: Distefano, Joseph J.. Editorial: Elsevier, Academic Press.


  11. Genetics: Analysis Of Genes And Genomes . Autor: Hartl, Daniel L.. Editorial: Jones and Bartlett.


  12. Modern Multivariate Statistical Techniques: Regression, Classification, And Manifold Learning . Autor: Izenman, Alan Julian. Editorial: Springer,.




OBJETIVOS DE DESARROLLO SOSTENIBLE
Objetivo 3: Salud y bienestar.
Objetivo 4: Educación de calidad.
Objetivo 5: Igualdad de género.
Información adicional




CLÁUSULAS
Cláusula de protección de datos para grabación de clases

Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Paraje Las Lagunillas, s/n; Tel.953 212121; www.ujaen.es

Delegado de Protección de Datos (DPO): TELEFÓNICA, S.A.U. ; Email: dpo@ujaen.es

Finalidad del tratamiento: Gestionar la adecuada grabación de las sesiones docentes con el objetivo de hacer posible la enseñanza en un escenario de docencia multimodal y/o no presencial.

Plazo de conservación: Las imágenes serán conservadas durante los plazos legalmente previstos en la normativa vigente.

Legitimación: Los datos son tratados en base al cumplimiento de obligaciones legales (Ley Orgánica 6/2001, de 21 de diciembre, de Universidades) y el consentimiento otorgado mediante la marcación de la casilla habilitada a tal efecto.

Destinatarios de los datos (cesiones o transferencias): Toda aquella persona que vaya a acceder a las diferentes modalidades de enseñanza.

Derechos: Ud. podrá ejercitar los derechos de Acceso, Rectificación, Cancelación, Portabilidad, Limitación del tratamiento, Supresión o, en su caso, Oposición. Para ejercitar los derechos deberá presentar un escrito en la dirección arriba señalada dirigido al Servicio de Información, Registro y Administración Electrónica de la Universidad de Jaén, o bien, mediante correo electrónico a la dirección de correo electrónico. Deberá especificar cuál de estos derechos solicita sea satisfecho y, a su vez, deberá acompañarse de la fotocopia del DNI o documento identificativo equivalente. En caso de que actuara mediante representante, legal o voluntario, deberá aportar también documento que acredite la representación y documento identificativo del mismo. Asimismo, en caso de considerar vulnerado su derecho a la protección de datos personales, podrá interponer una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es

Cláusula de protección de datos para evaluación on-line

Responsable del tratamiento: Universidad de Jaén, Campus Las Lagunillas, s/n, 23071 Jaén

Delegado de Protección de Datos:dpo@ujaen.es

Finalidad: Conforme a la Ley de Universidades y demás legislación estatal y autonómica vigente, realizar los exámenes correspondientes a las asignaturas en las que el alumno o alumna se encuentre matriculado. Con el fin de evitar fraudes en la realización del mismo, el examen se realizará en la modalidad de video llamada, pudiendo el personal de la Universidad de Jaén contrastar la imagen de la persona que está realizando la prueba de evaluación con los archivos fotográficos del alumno en el momento de la matrícula. Igualmente, con la finalidad de dotar a la prueba de evaluación de contenido probatorio de cara a revisiones o impugnaciones de la misma, de acuerdo con la normativa vigente, la prueba de evaluación será grabada.

Legitimación: cumplimiento de obligaciones legales (Ley de Universidades) y demás normativa estatal y autonómica vigente.

Destinatarios: prestadores de servicios titulares de las plataformas en las que se realicen las pruebas con los que la Universidad de Jaén tiene suscritos los correspondientes contratos de acceso a datos.

Plazos de conservación: los establecidos en la normativa aplicable. En el supuesto en concreto de las grabaciones de los exámenes, mientras no estén cerradas las actas definitivas y la prueba de evaluación pueda ser revisada o impugnada.

Derechos: puede ejercitar sus derechos de acceso, rectificación, cancelación, oposición, supresión, limitación y portabilidad remitiendo un escrito a la dirección postal o electrónica indicada anteriormente. En el supuesto que considere que sus derechos han sido vulnerados, puede presentar una reclamación ante el Consejo de Transparencia y Protección de Datos de Andalucía www.ctpdandalucia.es